以下列表比较文献管理软件。
在一栏存在一个区分基于：
对于网页端应用，该表格描述了服务器的操作系统。对于专有的中央托管网站，不适用该表。除非另有说明，任何客户端操作系统都可以连接到服务器。
下表列出了可以被这些文献管理软件导出的文件格式。通常这些格式被用来和其他文献管理软件（或其他用户）交换信息，为了达成这个目的，导出方必须能够导出为导入方所支持的格式。关于导入格式支持信息，请参阅后面的表格。
下表列出了不连接特定数据库即可直接导入进文献管理软件的文件格式。许多文件格式跟对应的数据库同名（如Copac, CSA, ISI, Medline, Ovid, PubMed, 以及 SciFinder）。有关数据库检索（而非从文件导入）引文的功能，请参阅下方的数据库连接表。
有些引文管理软件支持在文字处理工具里自动嵌入、排版引文。下面列出了这些软件对Microsoft Word, 苹果 Pages, Apache OpenOffice / LibreOffice Writer, LaTeX 编辑器 Kile、LyX, 以及 Google Docs的支持情况。还有些工具能够扫描RTF或者其他格式中插入的占位符，并在随后进行格式化，表格中也列举了这种支持形式。许多引文管理软件支持粘贴或者拖拽（文本形式的）引文到任何编辑器，但这里讨论的不是此类功能。
This table lists the academic databases and search engines which reference managers can import from. In some cases, a search and retrieval can be conducted directly in the reference manager. In others, a bookmarklet or Firefox extension will allow a site to be scraped.
Some reference managers provide network functionality. (N/A means the product has no networking, while "no" indicates it does (but lacks an implemented feature).)
