吉林省巡抚衙署为清朝吉林省的最高行政机构，于1908年4月1日正式开厅视事。光绪三十三年三月初八（1907年4月20日），清廷发布政令，裁撤吉林将军，设立吉林省，任命朱家宝为吉林省首任巡抚。朱家宝赴任后，呈报《吉林省公署章程》，在清廷于明年1月21日朱批“照所请办理”后，于4月1日起实施。下设五司一道二处：民政司、交涉司、度支司、提法司、提学司、劝业道、文案处、旗务处。另外设有吉林省高等审判厅。
其最高行政长官为吉林巡抚，全称“钦命陆军部侍郎衔都察院右副都御史兼副都统衔尝戴花翎吉林巡抚”，官阶从三品。计有二任：朱家宝（1907年4月20日～1908年9月9日）、陈昭常（1908年9月9日～1912年3月15日）。
民国元年（1912年）3月15日，吉林巡抚陈昭常等承认共和，接受民国临时大总统袁世凯的命令，改衙署为吉林省都督府，改吉林省巡抚为吉林省都督。
吉林行省衙署内设五司一道二处：
此外，设有吉林省高等审判厅，府署驻地设有8个地方审判厅。州、厅、县设有15个初级审判厅。各级审判厅皆设刑事庭和民事庭。厅长从四品，推事从五品。
