财政部关务署台北关（简称台北关）成立于1969年7月1日，关本部设于桃园国际机场，管辖桃园国际机场、台北松山机场、新竹科学工业园区、台北邮局区域，负责空运进出口货物与出入境旅客行李的通关业务、新竹以北地区保税工厂与新竹科学工业园区保税业务以及苗栗以北及台东、花莲的国际邮包进出口通关业务。
1969年，财政部在台北市设立“财政部台北关”，并将台北关税务司公署（今财政部关务署基隆关）所辖的驻松山机场支所、驻台北邮局支所及退税课改隶台北关。
1971至1975年，增设人事室、保税组、总务室、缉私组（缉案处理组）、秘书室、会计室、业务组（进口组、出口组）、稽查组、退税组、驻台北邮局支所、驻台中加工出口区支所、驻台中邮局支所。1976年10月台中关（今财政部关务署台中关）成立，将驻台中加工出口区支所及驻台中邮局支所划归该关管辖。1979年2月配合中正国际机场（今台湾桃园国际机场）开设，局本部从松山机场迁至中正机场；1980年6月增设驻新竹科学工业园区支所。
1991年2月改制为“财政部台北关税局”。1992年裁撤驻松山机场办事处及退税组，9月辖下支所更名为支局。
2013年随财政部关税总局更名而改名为“财政部关务署台北关”，将出口组、保税组及新竹科学工业园区支局整并为业务二组；机动巡查队及稽核组合并为机动稽核组；台北邮局支局、台北国际航空站稽查组第四课及原关税总局保税退税处第三科整并为松山分关；外栈组更名为竹围分关；总务室更名为秘书室；法务室更名为法务缉案组。
