历史上曾经发生过两次以全日空25号班机做代码的航空事故，共造成36人遇难，两架飞机编号分别为JA5045和JA5018。
全日本航空公司25号班机是一架从从东京羽田机场飞往名古屋小牧机场的定期航班，1958年8月12日，一架道格拉斯DC-3（注册编号JA5045）执飞该航班。晚上8:30左右于伊豆半岛下田市附近空域，对正位于附近的全日空16号班机(大阪往东京)。回报左侧引擎状况不好已停止，接下来要折返羽田机场的讯息，但在晚上8:55发出最后的讯息之后就失去消息。
第二天，飞机残骸在伊豆半岛下田利岛的海域被发现，包括3名机组员在内的全部33人死亡。最终，18人的尸体被找到，大部分尸体和飞机未被发现。这架飞机沉入海底600米，在当时是不可能打捞的。
当时还没有强制飞行机装置飞行数据记录器和驾驶舱通话记录器，因此完全无法厘清事故的确实原因，回收到的厕所门是锁上的状态，代表在事故发生时可能有乘客正在使用厕所，这意味着坠落发生的非常突然。
发动机状况不好加上手动陀螺仪故障。也有目击者声称看见右发动机起火，
此外，当时全日空所拥有的DC-3是从许多家美国航空公司搜集买来的中古机，型号并不统一，因此全日空所运航的DC-3每架的驾驶室内诸如按钮或仪表配置并不完全一致，可能造成驾驶员在修正姿势水平仪时发生失误，导致在黑夜中失去方向感而坠毁在海上，但由于没有打捞驾驶室，因而无法证实
在9月2日运输大臣提出的事故调查报告上表示：事故原因可能为同时发生多重机械故障造成，但要查明实际原因是非常困难的。
这次事故发生后，全日空得到了来自伊藤忠整备航空公司(现在的JAMCO)的整备士12名和日本航空的5名技术指导的支援，并且为了增加整备时间，将月营运时间从2900小时降到1800小时。
另外全日空获得了5000万日圆的政府补助金 ，将旗下的DC-3操作系统全部修改为一致。
1960年3月16日，全日空25号班机从东京国际机场飞往名古屋机场，搭载了3名机组人员和30名乘客共33人。
下午7时38分，飞机从名古屋机场南边降落，朝着中央滑行道滑行。该飞机原本该左转离开跑道前往航厦，但空管误以为是飞机在跑道中间点，于是命令航机掉头。因此，机长掉头向南。同时，空中交通管制员也正在引导日本航空自卫队第三航空団所属的一架F-86D战斗机（编号94-8137），可他却没有确认25号班机是否还在跑道上，便给予F-86起飞许可。这时在跑道上，民航机往南，战斗机往北，两架飞机越来越接近了。
当25号班机看见战斗机时立刻向左回避，但为时已晚，下午7时39分，自卫队战斗机撞上客机右翼、机身和尾部。25号航班因此断成两截。自卫队战斗机在撞击后前进150米往西滑进草地起火燃烧，空自飞行员被整备场的工程师们救出。
事故导致全日空25号班机上3人死亡，8人受伤。战斗机飞行员受伤。
事后，空中交通管制员被起诉。名古屋地方法院在1962年10月10日判其三年缓刑。
已有人指出事故的原因是军民合用机场会造成极大的风险。
