古巴人权一直是古巴政府和西方争论的问题之一。西方国家认为古巴人权状况恶劣，比如，政府镇压异议人士，限制国民出境旅行。但是古巴政府和古巴共产党对此不予承认并坚决反对。
古巴境内有政治犯遭受关押。据一个名为“古巴人权和民族和解委员会”的组织的说法，在2013年9月，有547名政治犯被当局羁押。
古巴共产党夺取政权以后，有古巴人逃亡到美国，并且有逃难者死于逃亡途中。根据国际特赦组织2000年的报告，古巴共产党自夺取政权以来，一直对国内的人权进行压制。异议人士受到（政府的）不断骚扰，言论自由、结社自由受到了严格限制。古共夺权以来，曾经一度禁止所有宗教，并向青年学生灌输“宗教是错误的”这一理念。1962年，古巴当局就关闭了400所天主教学校。但在1991年，古巴解除了宗教禁令。现在，天主教徒也可以加入古巴共产党。
2003年3月，古巴抓捕了75名人权活动人士，其中就包括了25名签署了瓦列拉纲（Varela Project）的人士。这些人士很快就被判处监禁。
2010年，根据古巴与教廷达成的协定，古巴开始改善政治犯的生活条件，但古巴当局并不承认曾签署这一协定。
2011年，古巴政府出于“人道主义原则”特赦了2900名犯人。这其中包括了政治犯和86名外籍人士。时任古巴领导人劳尔·卡斯特罗称罗马教皇的到来是促成这次特赦的原因之一。
2012年3月22日，国际特赦组织发布报告称“古巴人权状况在上一年间出现明显恶化”。他们还说古巴的人权活动人士向他们反映，他们在过去一年内受到了越来越频繁的骚扰或短期监禁。
2012年9月20日，古巴时任外长布鲁诺·罗德里称，美国对古巴长期的封锁“严重践踏了古巴人权”。
2013年1月，古巴政府宣布放宽对出境旅行的限制，但是，部分人士却认为此举意义不大，政府对古巴公民出境的限制仍然存在。。同年9月，古巴异议人士指出，古巴当局在上个月加强了对异议人士的逮捕。一个名为“古巴人权和民族和解委员会”的组织指出，对古巴政府在2013年8月加强了对异议人士的暴力镇压这一现象“感到忧虑”。
2018年7月14日，由前古巴最高领导人劳尔·卡斯特罗领导的委员会起草新宪法草案公布。新宪法新增87项条款，包括：
不过新宪法依旧认定古巴共产党仍将是“社会和国家的领导力量”。新宪法将在2018年7月22日至23日举行的古巴全国人民政权代表大会会议上进行投票表决。2019年2月24日举行全民公投以86.85%批准（有效票中占90.61%）、9%反对、4.5%无效票通过新宪法。
古巴拥有健全的医疗保健机制。这套医疗保健机制受到了国际社会的称赞。但是，不少医疗设施陈旧而过时，医疗机构时常缺乏必需的药品，医生工资也偏低。劳尔·卡斯特罗已在2008年许诺将会将所有死刑减为有期徒刑。但他同时表示“不会彻底废除死刑，死刑罪名将会保留在刑法中”。尽管如此，古巴目前已被认为是从实际上废除了死刑。信仰自由方面，古共在夺权后一度禁止宗教，并向年轻学生灌输“宗教是错误的”这一理念。但在1991年，古巴解除了宗教禁令。现在，天主教徒也可以加入古巴共产党。
根据国际特赦组织2000年的报告，古巴的言论自由受到了当局的严格控制。一份发布于2009年报告同样指出，“古巴几乎没有言论自由”。古巴被囚禁的记者数是全球最多的。。古巴居民上网存在困难。据BBC的报道，在古巴，任何异议人士都可能被冠上“危害社会”等“模糊不清”的罪名。结社自由受到当局阻止，古巴的工人不能建立独立的工会。
2004年11月，古巴《格拉玛报》称“古巴政府制裁的不是什么‘活动人士’，而是‘受美国政府雇佣破坏古巴社会主义制度的罪犯’。”，该报又指“美国才是世界上最大的违反人权者。”
2012年2月，古巴外交部欧洲事务负责人埃利奥·罗德里格斯发表声明强烈谴责欧盟批评古巴人权，并认为这是“强行干涉古巴内政”。
2012年2月4日，欧盟外交和安全政策高级代表凯瑟琳·阿什顿发表声明称：“欧盟对古巴政府拘禁和平示威者表示担忧。”
美国白宫在2012年称“古巴无视人权拘押异议人士...古巴在罗马教皇本笃十六世访问之前拘押抗议者再次显示古巴无视其民众的普世权利”，并敦促古巴当局“放弃通过威摄和骚扰来压制和平异议人士的策略”
2010年6月30日，国际特赦组织在一份报告中对古巴当局压制自由持“严厉批评”态度。
瑞士学者奥多·考波在一篇文章中称：“批评一个国家侵犯人权的行为是无可厚非的……但是，古巴的新生婴儿死亡率是全球最低的……如果几十个傲慢的记者和自私的政客呆在牢里可以拯救1000个婴儿的性命的话，那我根本就不会在乎政府这样的行为。”
一个名为“古巴人权和民族和解委员会”的组织在2013年9月对政府在当年8月加大对异议人士的镇压这一行为“表示担忧”。
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