村上直次郎（1868年2月4日－1966年9月17日）是日本历史学家。帝国学士院会员、勋一等瑞宝章、日欧交涉史、日本・东南亚关系史之权威。研究《新港文书》、台湾荷兰时代、西班牙时代的历史，对台湾历史学影响相当大。
丰后玖珠（大分县玖珠町）出身。经第一高等学校，明治28年（1895年）毕业于帝国大学文科大学史学科。明治29年（1896年）受拓殖务省之聘，来台调查研究台湾史。昭和3年（1928年）台北帝国大学设立，担任文政学部史学科教授。昭和4年（1929年）至昭和7年（1932年）担任文政学部长。昭和10年（1935年）辞去台北帝大教职，返回日本内地。
历任东京帝国大学讲师、东京外国语学校（现：东京外国语大学）校长、东京音乐学校（现东京艺术大学音乐学部）校长、台北帝国大学文政学部长、上智大学第4代学长等。
