折叠密码是蛋白质氨基酸序列的一种规则，它是决定蛋白质如何折叠为特定的三级结构并确定其生物学功能的主要因素。
对折叠密码的研究为蛋白质结构预测。对折叠密码的研究又称“破译第二遗传密码”。
折叠密码记录于蛋白质多肽链序列中，其由20种氨基酸写成。其肽链由mRNA翻译形成。
肽链被翻译出来后，多条肽链能自行折叠成蛋白质。但其可能因为环境因素导致折叠错误，需要分子伴侣正确折叠。因此折叠密码并不是决定蛋白质折叠的唯一因素。
折叠密码需根据蛋白质一级结构（下文称“对象”）预测出三级结构来确定。以下为预测的两种方法。
此法在假设折叠后蛋白质的分子构象为热力学最稳定，能量最低状态的基础下，使用分子力学的能量极小化方法，预测对象折叠后的结构。
此法先从已有的蛋白质一级与三维结构之关系找到规律，再用该规律推测出对象折叠后的结构。
