台湾日治时期的排泄物处理系统，是日本殖民政府来到台湾后，针对台湾当地的风土病以及整体卫生状况，制定公共卫生政策的一环。
早期台湾人的家中大多没有自己的厕所，人们往往在城里或街庄的路中设立公共厕所，或是直接在街路空地处挖一个坑，坑中埋一个木桶，上跨两条木板，供如厕时采用，这种厕所的优点是农人可以将木桶里的粪便用来施肥。在乡下，更常见的是人畜共厕，在猪舍的猪粪槽上，架一个板子当作简单的便所使用。以上所说厕所，都是男子上大号时所使用，以前的台湾妇女因为裹小脚，洗澡、如厕等隐私的事情会在房间完成，因此会在床和墙壁之间空出一个可容纳两人左右的空间，用布帘加以遮盖，这空间就被俗称为“屎尿巷”，用来放置尿桶、屎桶。因为在房内如厕，又不天天处理，往往造成房内潮湿且充满恶臭，且因屎尿桶就放置在床边，不时会发生在床上爬玩的婴儿，不小心跌入屎尿桶淹死的事件。
日本殖民政府治理台湾初期，认为台湾整体卫生环境十分脏乱，由近卫师团的军医部发行的《征台卫生汇报》中记录着台湾的卫生环境:
“市街不洁，人畜排泄物在街上到处溢流，被乱跑的猪只扫食，家屋为防土匪的攻击，几乎都没窗户，因此通风、采光皆不良，造成阴暗多晦气，又犬、鸡、猪和人杂 居，其粪便臭气充满屋内各户又将污水随意排至屋外造成庭院各出积有污水，且妇女们取用混浊的溪流、水塘当饮用水，并利用来洗衣、洗菜、洗厨具。而台北城、台南城街道两侧污水滞留，发出恶臭，因此城内外皆恶臭冲鼻，使人恶心。”
除了台湾人的卫生习惯，日治初期台湾的各式疾病如伤寒、鼠疫、霍乱等疾病在台湾横行，在这些风土病的侵扰与威胁下，日本殖民政府展开一连串防疫措施，企图改善环境卫生，取缔随地大小便、便所的兴建、污物处理便是公共卫生政策的其中一环。
日本殖民政府为了推行公共卫生政策，颁布许多法令、订定市区改正计划，以“台湾下水规则”、“台湾给水规则”、“台湾家屋建筑规则”、“大清洁法”、“台湾污物扫除规则”等来配合政策进行，决心要改变台湾人的卫生习惯，在都市方面成功达到成效，尤其是台北市。但随地大小便的习惯仍然存于乡间，其原因除了法令在乡间是否确实推行外，还有赖于便所的普及程度。 日本殖民政府发现公共厕所无法满足所有人的需求，于是开始推行个人厕所，并在1901年制定“台湾家屋建筑规则”后，经过多次修订，明确要求每户居民必须在家中设置个人厕所，期望借此改善卫生的恶习。然而碍于民众的经济能力，个人便所在城市推行较顺利，乡间地区仍多保持原样。
除了必须面对便所兴建的困难以外，还必须解决垃圾与污物的问题，日本殖民政府设立卫生组合，督促人民扫除、处理自家区域的垃圾外，也会雇人来做屎尿汲取、搬运的工作。由于这些屎尿可以用来施肥有利可图，许多屎尿承包商出现，并透过招标获得屎尿汲取、搬运的权力。 承包商在招标成功后，会将汲取屎尿的汲取、搬运工作发包给搬运人伕，由于承包商主要的利益来源在屎尿贩卖，使得承包商不关心屎尿汲取、搬运的过程，人伕用来搬运的木桶常破旧不堪，造成在搬运屎尿时，经常洒得满街都是，另外，搬运人伕经常不按时至各家挑粪，在雨季时节，因农人无法施肥，屎尿销路不好，搬运人伕也就怠于工作；相反地，如果是在农房期间急需施肥时，又会发生有人冒充搬运人伕到各户偷粪的情况。由于大大小小的承包商使得屎尿处理的管理工作不易追诉责任，到了日治后期，为了更好的监督与管理，负责屎尿的扫除工作从承包商被移交到市政府手上，有效改善承包制的弊病 。
民间对于日本殖民政府推行屎尿污物处理工作、厕所兴建工作有不同评价，在屎尿直营方面，由于只要由政府单方面雇用人力处理污物，被民众视为便民的政策；在厕所兴建方面，建造工作远远不如预期，奖励兴建个人厕所的工作也成效不彰，被民众认为是扰民，当时一般人认为在房间放置使尿桶如厕最方便，且兴建厕所往往需要花上一大笔钱，因此人民配合的意愿不高。
在推行厕所兴建和污物处理等公卫政策后，各式疾病(尤其是伤寒)逐渐受到控制，在日治后期，伤寒已经成为在台日人死亡的主要原因之一，最特别的是伤寒患者数一直都是日本人多于台湾人，这种现象一直到1932、1933年(昭和7、8年)，因为台湾罹患人数增加(并非日人罹患人数减少)，才使情况改观。伤寒病毒的传染途径是口粪传染，台湾民众没有妥善处理排泄物的观念，经常随意将排泄物倾倒河边、水源地造成污染，加上日人饮食习惯(喜食生食)，因此造成日人染上伤寒人数居高不下的原因。
在这种情况下，日本殖民政府加快兴建公共卫生设施，引进新式厕所技术，加强宣导改善台湾人的卫生习惯、向日人推行熟食。但在引进新式厕所技术方面，碍于经费问题，直到战后前的统计数字显示，台北市仅有十分之一的居民家中拥有改良式的厕所，其他都市比率更低。
