覃应元（1536年—1588年），字德芳，号月窗，山西行都司马邑守御千户所人，军籍，明朝政治人物。
山西乡试第二十五名举人。嘉靖四十四年（1565年）中式乙丑科会试第二百二十一名，三甲第六十八名进士。吏部观政，本年六月授历城知县，隆庆二年（1568年）六月升南刑部主事，五年二月升户部员外郎，三月升兵部郎中，六年十月升河南知府，改承天知府，万历五年（1577年）正月升四川副使，十二月调陕西，备兵延绥，八年正月考察调简，十二年十月复除湖广长沙兵备副使，升陕西苑马寺卿兼佥事，十六年正月被巡抚王璇弹劾其衰庸而令致仕。
曾祖覃荣；祖父覃表；父覃环，累赠兵部郎中。嫡母刘氏，赠宜人；生母曹氏，累赠宜人。
