LGBT权益虽然在日本不被民事法律保护，不过同性性行为在日本是合法的。目前没有国家层面的法律反对或认可同性恋关系。同性恋在日本国宪法、民事或刑事法律文件中均未提及。
和欧美国家不同，日本的传统宗教，不论神道教、佛教还是儒教均没有对LGBT的明显反对，事实上在古代日本还流行过所谓的男风文化，许多知名的日本历史人物也均有关系密切的男性伴侣。
在明治时代，西方文化引进日本后，肛交曾被1872年《鸡奸律条例》及1873年《改定律例》认定有罪。但1880年参照法国刑法制定的旧刑法未规管肛交，同法1882年施行后鸡奸罪即告消灭。自此，日本没有任何法律反对同性恋，但相较于古代，现今的日本社会对同性恋看法仍保守许多。
性取向不被日本民事法律保护，也就意味着在日本的LGBT族群在很多情况下，面临歧视的时候无法引用法律依据，比如就业、教育、住房、医疗保险、银行及公共住房。
尽管同等权利法(日本)在过去十年里被修订了很多次，在这些修订中重点关注了性别歧视和工作场所中的性骚扰。同时日本政府拒绝扩大保障范围至却对性别认定上的歧视。
1997年，日本同性恋运动协会在起诉东京政府禁止同性恋使用大都市青年住房的案例中胜诉。尽管没有扩大到反对其它由政府支持的性取向歧视范围，但这起案件经常被作为民权的例子在法庭上被引用。自此，东京政府通过了相关法律禁止在工作上的性别认定歧视。
2015年3月31日，日本东京都涩谷区议会通过了承认同性伴侣关系的新条例，以保障该群体在租房、医疗探视等方面的权益。这是日本乃至亚洲的首部同性伴侣条例。该条例于同年4月1日生效。
2015年11月5日，东京人口最多的世田谷区当天下午开始发同性伴侣登记宣誓证书。
2016年4月1日，日本三重县伊贺市正式开始承认同性伴侣、开始发放同性伴侣证书，证书的作用在该市相当于结婚证，这是继东京的涩谷区、世田谷区之后，日本第三个办理同性伴侣证书的地方政府，这些证书还获得日本一些大公司承认。
2016年6月1日，宝冢正式承认同性伴侣并开始发放同性伴侣证书。住在该市年满20岁的同性伴侣可申请，相当于结婚证，例如伴侣可共同申请市政府管理的住房。
2016年7月8日，那霸市开始受理同性伴侣证书的申请。居住在该市，年满二十周岁的同性伴侣可以申请。
2017年6月1日起，日本札幌市政府开始发放同性伴侣宣誓证书，当天已有几对同性恋情侣拿证。札幌市是日本第六个承认同性伴侣的地区，是目前发同性伴侣证的日本最大城市。证书可用于住房、保险等方面，日本有不少公司也把这类证书作为雇员同性配偶福利或客户家属的凭证。
2018年4月2日，日本福冈市政府开始承认同性伴侣、发伴侣证书（对象包括同性恋或跨性别者），市长在市政厅为第一对申请的伴侣发放了宣誓证书。
2018年7月9日，日本大阪市开始发同性伴侣证书，市长当天在市政厅为第一批共3对同性恋伴侣签发了证书，这几对伴侣在签署宣誓书之后从市长手里领到卡片样式的证明。市长在现场讲话表示希望国家立法承认同性伴侣。
此外，截至2018年9月1日。日本已有8个地方政府承认同性伴侣关系的合法性，另有长崎、崎玉、千叶、东京中野区等地政府均计划在近期内陆续开放同性伴侣关系的注册。
2004年，《性同一性障害特例法（日语：性同一性障害特例法）》施行，允许公民在经过变性手术后更改自己的法律性别。
同性婚姻目前不被认可。同性伴侣关系在日本其它地区亦均不被承认。
日本厚生劳动省于2011年制定小孩领养手册，各地方政府得以依据该手册自行认可小孩领养申请。而在这手册上，在欲申请为养父母的条件上并没有直接将同性伴侣排除在外，厚生劳动省家庭福祉课表示：“依据手册，同性伴侣欲申请成为养父母是有机会的”，但实际上并不确定是否能申请通过。
大阪市针对欲领养小孩的大人设置了“儿童相谈所”（こども相谈センター），透过面试、理解制度上的计划与意愿等，领养意愿者接受约一星期的课程后就可以申请领养小孩，交由专家组成的社会福祉审议会咨询，最后再交由市长认可。成为受认可的“里亲”之后，才得以配对适合的小孩。
“里亲”（寄养）制度不同于日本既有的养父母“收养”制度。“收养”仅限于“已婚夫妇”共同收养小孩，但“里亲”制在设计上则是强调“具有照顾、扶养小孩”能力的“大人”皆可申请。
大阪市“里亲”制度，于2016年12月认可第一对同性伴侣申请成功。
基于1958年的《卖春防止法》，卖淫在日本被认定有罪。由于同性性行为在日本法律中不被认为是性行为，而是被认为一种和性行为类似的行为（
LGBT权益在日本很少被公开讨论，多数政党也没有发表任何正式态度，但一般认为现今日本政府对于LGBT权益的看法与欧美和拉美国家相比较仍旧保守许多。
日本古代几乎没有反对或迫害LGBT权益的历史，相反的是在当时反而对异性恋之间的男女相处有其严格的规范，但自江户幕府后期和明治维新后，日本社会对于LGBT权益的看法变得保守许多，甚至在1873年之后的七年间同性恋还一度会认为是违法的，让很多LGBT人士多只能生活在社会底层或是在被迫过双面人的生活，不过近年来日本社会已经开始慢慢正式注意到相关的议题并开始向政府争取其权益，年轻世代也多支持给予LGBT相关人士更多法律上的保障。
