台东县立温泉国民小学本校学区原属建和国校（现今台东市建和国民小学），民国四十七年（公元1958年）时，由村民于内温泉清觉寺山麓兴建简陋教室一间，自行设立内温泉分班，并集资聘请教师一人，开始教育温泉地区之莘莘学子。目前共有6班，84位学生，并设有温泉附设幼儿园。
民国四十八年（公元1959年），经地方人士之赞助，教室从清觉寺山麓向下迁移至台东县农会温泉农场（现今东游季温泉渡假村），并商借国防部克难报废营房一栋，作为临时教室。当时，政府为能普及教育，并解决儿童就学之问题，乃因应教育热心人士之恳求，正式核准成立‘建和国校温泉分校’。成立之时，共建置三班，编制教师三人，始具学校雏型，嗣后每年增加一班。民国五十年（公元1961年）二月由家长募捐购置现有校地，并由地方政府同意奉准拨款兴建水泥教室四间，当年（民国五十年，公元1961年）七月竣工，九月迁入新教室。
民国五十一年（公元1962年）八月一日，‘建和国校温泉分校’奉准独立，改称‘台东县卑南乡温泉国民学校’，原隶属建和国校之乐山分校亦同时改隶本校，成为‘台东县卑南乡温泉国民学校乐山分校’，宋士烜先生为首任校长，当时计有八班，学生共二百九十七人，教师有十二位。
民国五十六年（公元1967年）八月一日，乐山分校奉准独立设校，但因学生人数逐年递减，民国七十一年（公元1982年）乐山国小又再度改隶为本校分校。民国七十九（公元1990年）年再改制为为乐山分班，民国八十二年（公元1993年）裁撤，校产至今仍由本校负责管理维护。
民国九十三年（公元2004年）为配合县府推动观光产业，学校全面改建，于九十三年十月动工， 并于九十五年二月完工后启用新建校舍。
民国九十四年（公元2005年）八月一日，为配合政府推动国民教育向下延伸政策，成立试办幼儿班一班，并分派代课教师二人，全校班级数计共七班(含幼儿班一班)。
1.宋仕烜
2.罗昭明
3.谭今
4.王添丁
5.李茂芳
6.黄木火
7.杨绪德
8.李茂宗(2002年-2010年)
9.吴正成(2010年-至今)
