萃文书院是清嘉庆年间于台湾府台湾县罗汉内门里观音亭庄一带（今高雄市内门区观亭里）所设立的书院，日治时期曾作为内门公学校（今内门国小）、内门国民学校观音亭分校场（今观亭国小）的校舍使用，后者之校地亦原为书院之学田。二次大战后因政府政策而失去学田、欠缺维持经费，故并入内门紫竹寺，由该寺接管并重建，亦曾做为图书馆之用，其后紫竹寺也以书院之名成立“财团法人高雄市私立萃文书院社会福利慈善事业基金会”，从事老人养护及日间照顾、居家服务、儿少服务等社会福利事业。
2018年时该书院一楼是长青俱乐部，为老人活动的场所；二楼供奉孔子及四配十二哲等先贤神位、文昌帝君神像、魁斗星君神像。
萃文书院的倡建始于嘉庆十七年（1812年），贡生游化等人觉得罗汉内门距离府城读书过远，遂打算于当地兴建书院。道光二十四年（1844年）在贡生黄玉华、监生萧作文主事下，迁建书院至紫竹寺西边，工程于隔年（1845年）完工，书院主祀文昌帝君，学生来自今内门区、旗山区、美浓区与台南市新化区等地，书院经费则由学田田租收入、地方仕绅乐捐支应。
进入日治时期后，书院曾于明治二十九年（1896年）重修，明治三十五至四十三年（1902-1910年）充为新成立的内门公学校（今内门国小）校舍，书院亦为就读中等学校以上之学生提供奖学金。内门公学校搬迁往内埔后，书院于昭和十一年（1936年）再次重修，四年后（1940年）书院旁又设内门国民学校观音亭分校场（今观亭国小），该校创立之初亦曾使用萃文书院上课，而校地则原为书院的学田。
二次大战之后，因三七五减租与公地放领政策，导致该书院的学田被放领，无法获取维持经费。民国57年（1968年）大殿因风灾而毁损，四年后（1972年）会员集资重建大殿，但施工中又遭到雷击破坏。由于缺乏经费，民国64年（1975年）书院经会员大会通过并入内门紫竹寺，由紫竹寺接续重建及日后管理、祭祀，建筑于民国67年（1978年）完工，耗资约五百多万。
民国75年（1986年）1月时，因当时内门乡未有图书馆，紫竹寺遂于书院内设图书馆，直到民国78年（1989年）8月该寺捐献东侧庙地供乡公所兴建新图书馆为止，原有藏书并转移至新图书馆。民国83年（1994年）5月30日，紫竹寺以书院之名成立“财团法人高雄市私立萃文书院社会福利慈善事业基金会”，从事老人养护及日间照顾、居家服务、儿少服务等社会福利事业。
书院于创始之初主祀文昌帝君，战后向政府办理寺庙登记时则改以孔子为主神，从祀文昌帝君；民国72年（1983年）登记宗教别为儒教。
