赤眉军是中国新莽末年起事的军队之一，因起事者将眉毛染红，示其别于政府军，故称作赤眉军。
赤眉军于天凤五年（公元18年）在莒（今山东莒县）起事，首领为琅琊人樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事和卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。
随着赤眉军的发展，在地皇三年（22年）王莽派出王匡及廉丹率约十万军队进攻赤眉军，但惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州和豫州各地。23年，绿林军拥戴的更始皇帝刘玄攻入长安，灭王莽新朝。赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即开战。
25年，赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领进攻关中，因笃信城阳景王一神，拥立其后裔刘盆子为帝，徐宣任丞相，而樊崇因为不识字，任御史大夫。更始军内部也产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，初设刘玄为长沙王，后因猜忌被赤眉所杀。
赤眉军入长安时，经大肆抢掠，致当地残破不堪，只能抛弃长安，走前泄愤，焚烧长安。后继续向西流浪，四处找寻粮食，至陇西时遭隗嚣大军，大败而逃，逃亡时忽遇大雪士卒损失过半，随后被绿林军刘秀将领邓禹击败，赤眉军遂决定离开关中。公元27年，在崤（今河南洛宁）和宜阳再次被刘秀军冯异打败，樊崇投降，初被赦免，后欲逃出洛阳召集旧部，事泄被杀。
