《新海底军舰》是1995年的日本OVA，根据押川春浪原著科幻小说《海底军舰》改编，共有2集，内容是描写科幻军舰“罗号”的故事。
居住在地球中心的“地空人”是先进高科技文明种族，寿命也极长。有感于地球人的好战有一天会波及地底世界，地空人进行了一项评估测试：将高科技能量反应堆放在当时第二次世界大战的美日双方控制区中。日本于1932年满州事变次年的奉天省北方找到该反应堆，并利用其中科技建造了“罗号”高科技海空战舰；而美国于某处找到了反应堆后，也建成了“自由号”高科技舰。
地空人还派了两名女性监察员，观察人类如何使用两具反应堆；如果用于战争，就表示人类已经没救，要完全毁灭人类。日本方的观察员安妮特在人间时期看到了人性中爱的一面，所以在罗号投入战争前对当时舰长也就是男主角的祖父托出始末，所以老舰长决定开着战舰前往深海。然而同时美国方的监察员阿芙杜看到的是人类卑劣一面，决定实行毁灭计划，并视安妮特为叛徒，指挥着自由号前往拦截罗号；对战中两舰同时沉入海底。阿芙杜也被安妮特的精神冲击波陷入昏迷假死。
1995年，阿芙杜苏醒，开始启动诸多地底人高科技武器毁灭人类；同时，当年唯一逃出罗号的副舰长菅原贡战后成为了财团大老板，并进行秘密打捞修复罗号的计划，以备有朝一日地底人来袭时的反击武力。就在联合国舰队兵败如山倒时，罗号突然出现扭转战局。
当年舰长的孙子小刚也在因缘际会下登上罗号；并发现舰长就是自己继承爷爷遗志的失踪爸爸，为了秘密修复计划才假装失踪。小刚并与安妮特相恋。对战中罗号虽能对付地底人攻击舰和重力反射镜，但是对毁灭圆柱却无能为力；无意中舰上博士发现圆柱是接收海底某处光波讯号的遥控武器，于是建议直接追击毁灭地底人海中要塞。
罗号前往菅原财团海洋基地整补时，联合国船队突然出现要抢罗号，因为联合国巨头们在慌乱中认为罗号是唯一反击希望。此时地空人要塞突然出现，阿芙杜也出现在安妮特面前说服她看见人类卑劣面，安妮特不从。地空人要塞就毁掉联合国舰队大部；而罗号紧急出战一番恶斗后炸毁要塞外壳，却发现要塞真面目就是当年自由号，两舰相遇进行50年前未完的宿命对决。
新自由号装有地空人强化的光束武器，罗号被打得节节败退。此时罗号将战场引到海底火山附近，并搭配安妮特的精神感应力捕捉敌舰位置，终于在千钧一发之际利用海底火山冲力消灭自由号、杀死阿芙杜。
小刚决定和安妮特留在罗号，舰长决定出发拜访地空人王国，驶向夕阳。
