森 於菟（もり おと，1890年9月13日－1967年12月21日），日本的医学者，专长是解剖学。专业著作之外，著有父森鸥外的回忆录和随笔。
1890年9月13日在东京出生，是森鸥外与最初的妻森登志子（赤松则良的长女）间的长男。
出生后没有得到母乳喂养的森於菟，虚岁5岁时被托付给了本乡森川町的烟草商平野甚三方。被接回森家后，由祖母培养教育，与父亲森鴎外同样接受了热情的教育。父亲为日俄战争出征后的1908年4月，森於菟回到了祖母处，为客死异乡的曾祖父森白仙（滋贺县的旧土山町常明寺）扫墓归来后，又第一次拜访问候了已故母亲的娘家人，也就是自己的祖父母（静冈县磐田市）。此后，与异父妹妹美代子的关系变得很好，但是美代子十几岁就病死了。1922年3月14日，为了去欧洲留学，与异母妹妹森茉莉（丈夫山田珠树正在欧州留学中）乘坐同一条船出发。这次同前来送行的父亲的离别竟成了永别。
爸爸日俄战争出征的1905年春，比同窗生（同班同学）小2岁从独逸学（德国学）协会学校中等部毕业，旧制东京第一高等学校入学考失败。
翌1906年，入学旧制东京第一高等学校的三部（外国语以德语为主体，目标医学部）。
东京帝国大学医学部医学士、理学部动物学科理学士，东京帝国大学医学博士（1926年）。
历任母校东京帝国大学医学部助手、助教授（日本语称副教授为助教授）。
1936年转任台北帝国大学医学部解剖学讲座教授，1939年到1941年兼医学部长（日本语称学院为学部，院长为学部长）。
1941年到1942年间医学部长由富田雅次担任，1942年到1944年的医学部长是小田俊郎，1944年森又回任医学部长，直到1945年。
终战时，正担任台北帝大医学部长的他，将医学部移交给接收的台湾人药理学讲座教授杜聪明，成为台北帝大最后1任医学部长，杜出任新成立的国立台湾大学医学院院长，聘请他担任医学院解剖学教授。
不久离开工作10年的台湾，回到东京担任私立帝国女子医学专门学校（1950年改成现在的东邦大学）的校长（任期1946年到1949年），后专任东邦大学医学部教授。
森於菟在兄弟4人中最早写了父亲的回想记（最初的随笔集《解剖台に凭りて》，昭和书房，1934年1月），后来其他3人也发表了父亲的回想记。
於菟喜欢生物学，家里希望他读医科，医科卒业后又进同校学动物科学，得到医学、理学2个学位。
（以下森於菟命名）
自家宅邸是建筑家清家清设计的，就是日本近代住宅史上有名的“森博士的家”。
