AMBER力场

✍ dations ◷ 2025-08-03 00:21:30 #分子力场,分子模拟软件

AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有着广泛应用的一个分子力场。开发这个力场的是Peter Kollman课题组,最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质和核酸体系而开发的,计算其力场参数的数据均来自实验值,后来随着AMBER力场的广泛应用,包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富,逐渐开发出了一个可以用于生物大分子、有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。但是总体来讲,AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算,其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。

AMBER力场的势能函数形势较为简单,所需参数不多,计算量也比较小,这是这个力场的一大特色,但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性。本力场用谐振子模型计算键长伸缩能和键角弯转能,用傅立叶级数的形式来描述二面角扭转能,选用Lennard-Jones势来模拟范德华力;用库仑公式来描述静电相互作用,其势能表达式为:

V ( r N ) = b o n d s 1 2 k b ( l l 0 ) 2 + a n g l e s 1 2 k a ( θ θ 0 ) 2 + t o r s i o n s 1 2 V n + j = 1 N 1 i = j + 1 N { 4 ϵ i , j + q i q j 4 π ϵ 0 r i j } {\displaystyle V_{(r^{N})}=\sum _{bonds}{\frac {1}{2}}k_{b}(l-l_{0})^{2}+\sum _{angles}{\frac {1}{2}}k_{a}(\theta -\theta _{0})^{2}+\sum _{torsions}{\frac {1}{2}}V_{n}+\sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}\left\{4\epsilon _{i,j}\left+{\frac {q_{i}q_{j}}{4\pi \epsilon _{0}r_{i}j}}\right\}}

现在有很多主流计算软件包应用了AMBER力场,其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外,还有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。

相关

  • 心境恶劣障碍持续性抑郁症(精神官能性忧郁症,Persistent Depressive Disorder (PDD))是一种慢性情绪失调,属于抑郁症范畴。持续时间比重度抑郁症长,但症状相对较轻。慢性抑郁症是一种轻度的抑
  • 葡萄胎葡萄胎也称水泡状胎、水泡状胎块(Hydatidiform Mole) 是一种异常的人类妊娠,系由着床但未成功发育的受精卵所造成。因其特征为胎盘绒毛间质水肿,形成透明或半透明的薄壁水泡,形似
  • 根瘤菌科土壤杆菌属 Agrobacterium 嗜碳杆菌属 Carbophilus 螯合杆菌属 Chelatobacter Kaistia 根瘤菌属 Rhizobium 剑菌属 Ensifer/中华根瘤菌属 Sinorhizobium 韧皮部杆菌属 Cand
  • 韩蒙关系韩蒙关系是指蒙古国与大韩民国之间的外交关系。1990年3月26日,两国正式建立外交关系,韩国驻蒙古国大使馆设于乌兰巴托,蒙古国驻韩国大使馆设于首尔。在韩蒙古人形成了最大的蒙
  • 东番东番,或称东番夷,意旨“东方海外的番人”,是中国古代对台湾岛及台湾原住民族的称呼,既作为地名又作为族群称呼之用。“东番”一词首见于1558年的明朝官方文书《明神宗实录》中,故
  • 飓风安娜飓风安娜(英语:Hurricane Ana)是2014年继8月的伊塞莱后,第二个威胁美国夏威夷州并直接侵袭该地的热带气旋,同时也是2014年太平洋飓风季的第21个命名的风暴和第15个飓风。安娜由10
  • 双连坡断层双连坡断层是台湾桃园的一条断层,根据经济部中央地质调查所2000年的资料,将双连坡断层列为存疑性活动断层,该断层始于上阴影窝附近的纵贯铁路南侧,截断伯公冈台地北侧社子溪的河
  • 中国人民解放军空军航空兵第三师中国人民解放军空军航空兵第三师(简称空三师,代号为解放军94669部队),是中国人民解放军空军的一个歼击航空师,其前身空军驱逐第三旅于1950年10月5日在沈阳组建,是由原华北军区步兵
  • 乔治·康迪利斯乔治·康迪利斯(希腊语: Γεώργιος Κονδύλης, 1878–1936),希腊政治人物,军事人物,曾担任希腊王国总理,时间为1935年10月10日 - 11月30日。生于希腊埃夫里塔尼亚
  • 广东木瓜红广东木瓜红(学名:)为安息香科木瓜红属下的一个种。