日语音系是日语的音韵体系，是日语音韵学的研究对象，包含有大致15个辅音音素和一个典型的五元音系统。本条目主要描述基于日语东京方言的标准语（共通语）的音系和实际语音现象。
日语有五个母音：
因为没有专门用来描述扁唇的IPA符号，圆母音和符加符号“展唇”－“”是这个音的一种标记法。
日语中的母音是单元音。除了/u/以外皆与西班牙语或意大利语相似。
母音的长短是有语意上的区别的。例如 おじさん（ojisan） /ozisaɴ/ "叔叔" vs.おじいさん（ojiisan）/oziisaɴ/ "爷爷", 或 月（つき）(tsuki) /tuki/ "月亮" vs. つうき (tsūki) /tuuki/"通气"之间的差别。
在日语传统的音韵学分析中，每个元音假名都被视为一“拍”（mora），语音学上的长母音，被视为连续的两个相同母音，在文字表记上写成两个假名，被视为两拍，如是/oziisaɴ/而非/oziːsaɴ/。
在语句之中，日语允许没有子音分隔的一长串母音。而语调和些许的停顿可让人辨别连续的两个相同母音。
（这只是个范例，而不是常见的句子）
日语是一种典型的音拍语言，因此日语音位学中往往使用音拍而不是音节来考虑。日语的每个音拍都有大致相同的时长。日语的音拍可由元音（/V/）、辅音元音的组合（/CV/、/CjV/）或两种成音拍子音/N/ 和/Q/构成。其中长音音节有两个音拍长。
日语里包含了若干音系衍化规律，这些均极大幅度地改变了原本辅音和元音的呈现型态。
日语的/s/, /z/音位，后接硬颚近音/j/和前高元音/i/时，分别颚音化成, 这两个音位变体。
在/z/的所有同位音之中，以塞擦音最常见，特别是在开口第一字时，/ɴ/(或/n/之后)，依分析的不同而定。而塞擦音可能出现在母音之间。然而，两者都是可以自由变换的。是龈颚音，不是真正的硬颚音。
此外，连接/j/音的范例如下：
而在/j/之前，范例如下：
在现代日语中，音位/z/和/d/在母音/i/ /ɯ/前中和。
“现代假名遣”的拼写改革主张将“ぢ”“づ”分别改写成“じ”“ず”，以反映当时的语音状况，
如：
但在某些字词上仍有保留下这种构词上的书写差异。
如：
近来，由于外语借字的关系，/zu/和/du/的对比（ vs ）又再次地引入到日语，重新介绍给年轻族群。
如：
公元17世纪，葡萄牙传教士来到日本时，将假名记载为“fa, fi, fu, fe, fo”，由此推测现在的是由去口音化来的。学界普遍认为，在9到17世纪这段时期的日语，/h/音位在任何母音环境下，均是发成清双唇擦音。甚至从方言上和分布区域上的证据显示，可推测在这段时期的某个时点或在这之前，可能是从清双唇塞音擦音化来的。
当辅音后接前高元音或硬颚近音时（如日语里的/i/和/j/），受到这些元音或半元音的发音特征影响，使得其发音部位预期性地靠近后接元音或半元音所在之硬颚，此种同化作用，语言学上称之为颚化作用。
日语里，除了前述的/s/, /z/, /t/, /d/, /h/等音位，/n/,/m/,/g/后接/i/和/j/时也会有颚化情形出现，分别颚化成, , 等音位变体。
范例：
弱化作用是由强势音转为弱势音。在日语里常见的辅音弱化情形，为由塞音转弱为鼻塞音、擦音或塞擦音，如前述的→、→、→→等等均是。
在现代日语里，也有新弱化情形的出现，如浊双唇塞音弱化为浊双唇擦音、浊软颚塞音弱化为浊软颚擦音或浊软颚鼻塞音。
/ɡ/音位的变异情形比较复杂，因此分析上日语使用者被归类为以下三种群体：
日语人士中，大多数为群体A、少部分为群体B、极小部分为群体C。群体A和群体C者，在随意和快速的言谈中，可能会出现此音位变体；但对群体B而言，在他们的音韵系统里并没有此音，并且把/ŋ/和/ɡ/视为不同音位。
/ɡ/可能被弱化成/ŋ/，可能在两个母音之间，或母音和子音之间。然而，在日语使用者之间，还是存在许多差异。有些人，例如Vance(1997)，认为这些差异是缘自社会阶级；还有些人，如Akamatsu (1997)，认为和年龄、地理位置有关。一般化的情形如下。
在词语的开头
在简单词语的中间（即非合成词）
在合成词中间morpheme-initially
因此，对许多人来说为同音的这两个词，对某些人来说却是最小对立体：
使用 はげ '秃头'这个例子总结：
日语的成音拍阻音习惯上称为“促音”，为重叠辅音的第一个音。传统上，它仅出现在/p/, /t/, /k/, /s/这四种情形，也就是说它仅出现在「かさたぱ」这四行假名前。
如：
辅音重叠并不发生于/n/, /m/, /j/, /w/这些音位下。至于/h/, /r/这两个音位的重叠情形，Timothy J. Vance认为其发生应局限于外语借字的字词上。
如：
日语的成音拍鼻音习惯上称为“拨音”，在日语音韵学分析上，有些学者使用和促音 /Q/一样的方式，将其视为抽像化的原音位/N/处理。较易理解的方法为把小舌鼻音或舌面前音当作此音位的基本型式，其余变体型式则为同位音。成音拍鼻音/N/在日语里有各种音位变体，乃因受其所位于字词里的相邻音位环境不同，而发生了若干的同化作用。
需要注意的是，在日文表记时，拨音独立使用假名ん，因此在传统日本音韵学中根据“一假名对一拍”的原则，拨音也独立算成一拍（一个音节），所以对于一般日本人来说 あん/an/ 是两个音节，发音时值是两拍。加上前述元音长音也算作一拍的原则，日语的音节算法和现代语音学的算法有很大差异。如外来语“汉堡包”ハンバーガー(hanbaga)，一般日本人会认为是六个音拍（ha, n, ba, a, ga, a;其中的n和表示长音a分别独立算一拍），虽然在语音学角度上看只有han-ba-ga三个音节。
日语母音之中，/i/ 和/u/在清子音之间一般情况下必须被清化，但在重音节时、在さ行之间或接在は行前有时不清化（虽然清化依然比较常见 ，及在此情况下不清化被视为女性化的表现或受方言干扰）。此外， /i/ 和 /u/ 接在促音前或语毕时，清化与否皆可。
不过在重音节同时在さ行之间或接在は行前、さ行接は行（外来语除外）或在は行之间一般情况下不会被清化。
/o/被清化的程度较弱（而/a/通常更弱），而且必须是在相邻两个以上的音拍也含有/o/时。
清化的现象即使在慢速说话时也很常见，而不仅限于快速说话时。
如常见的句末系词的发音就是。
在语句之中，日语允许没有浊母音分隔的一长串清音。
（这只是个范例，而不是常见的句子）
要注意日语在さ行促音与〈"さ行+清化母音+さ行"丛集〉之区别，比如：
性别也存在一定的影响：将清化的母音念为独音被视为女性化的表现，特别是在"arimasu"结尾的"u"。过清化(hyper-devoicing)是某些日语分支(basiletic varieties)的特色。而在某些西部方言和正式演说风格中，所有的母音都必须是有声的。
和鼻音/m, n/相邻时，母音会被稍微鼻化。在成拍音鼻音/ɴ/之前，母音被严重鼻化：
在刚开口或语毕时，日语的母音可能分别在前、后被置入喉塞音。范例如下（独立念出时）：
当需要强调语末的词时，此喉塞音可以被很明显地听见，书写时，常用促音っ表现。
书写系统中，每个假名对应到一个音拍。成音拍的/Q/（也就是重叠子音的前半部）用一个称为“促音”的小"tsu"（ 片假名ッ，或平假名っ）。长母音在片假名中，通常在第一个母音后接一个破折号，就像在 サービス '服务／service'中的一样。破折号的方向是沿着书写的方向。
英语中，重音节发音较大声、较长、音调较高，而轻音节相对较短。日语中，所有音拍的长度和声音大小相同。日语因此被称为以音拍为时间单位(mora-timed)的语音。
另一方面，由于所有音节有相同重音，因此对日本人而言，欧洲语言中有些非重音节听不清楚，而造成混淆。
（与芬兰语和意大利语的音节系统作比较。）
以上说明简表如下。这张表并未完全涵盖日语中所有的子音变化。请参考前述的发音细节。
舌叶齿-齿龈音（也就是说，舌叶接触到上排牙齿的背面，和齿槽脊(alveolar ridge)的前面）
标准日语有一个音调系统，说明一个词中的各个音拍应该加或不加重音。加了重音的音拍发音相对较高，而后音调下滑。许多日语方言有不同的重音，有些则有较复杂的韵律系统。
