科摩罗国旗由一个绿色三角形、一条黄色、白色、红色与蓝色的横条所组成的旗帜，在绿色的三角形中有一个新月和四颗星，象征了科摩罗的国教为伊斯兰教，四颗星和四条横条都表达出国家的四个岛屿，黄色代表了莫爱利岛、白色代表出马约特岛、红色为安朱安岛的象征，而蓝色就是大科摩罗岛。另外，弦月抱与四颗星同时表达出国家的图腾。
科摩罗在1887年直至独立之前是法国殖民地。由于科摩罗一直没有属于自己的殖民地旗帜，法国国旗因此成为科摩罗的官方旗帜。随着1961年科摩罗取得内部自治，1963年Suzanne Gauthier设计了科摩罗旗帜。当时的旗帜长宽比例为5:7，绿底，左上角绘有新月，从左下到右上有四颗白色五角星以对角线并列。这面旗帜使用直至1976年。
1975年，科摩罗从法国独立，阿里·萨利赫成为该国第一任总统。由于当时的开国总统阿里·萨利赫实行社会主义，因此，1976年1月7日采用的新国旗直接采用科摩罗全国执行委员会旗帜。旗帜的三分之二处为红色（象征社会主义），三分之一为绿色（象征伊斯兰教），新月和四星图案则位于国旗左上角。当时的国旗样式与新加坡国旗十分相似。
1978年，艾哈迈德·阿卜杜拉在法国雇佣军的支持下发动政变夺权，阿里·萨利赫总统被杀，国名为“科摩罗伊斯兰联邦共和国”。这时科摩罗国旗于10月1日首次做出更改，比例改为2:3，取消红色条纹，改为全绿底旗帜，新月和四星图案放在国旗中央，而且新月开口是对国旗右下角，四星为斜线排列。1992年6月6日，国旗再作出修改，即新月开口对准上方，四星排列随之改为横线排列。
1996年10月5日，科摩罗国旗再一次修改，长宽比例改为7比5，新月开口对准右方，四星排列随之改为竖线排列。并在国旗左下角和右上角分别写有白色的“穆罕默德”和“真主”阿拉伯文字。
2001年12月23日，科摩罗通过全民公投，改国名为“科摩罗联盟”。为确定现在使用的五色国旗，一直延续至今。
法兰西殖民帝国
1887年-1963年
法属科摩罗
1963年6月7日-1976年1月6日
科摩罗国
1976年1月7日-1978年10月1日
科摩罗伊斯兰联邦共和国
1978年10月1日-1992年6月6日
科摩罗伊斯兰联邦共和国
1992年6月7日-1996年10月5日
科摩罗伊斯兰联邦共和国
1996年10月6日-2001年12月22日
科摩罗伊斯兰联邦共和国
2001年12月23日-2002年1月7日
错误印刷文本样式的科摩罗国旗（1996-2001年）
大科摩罗岛
昂儒昂岛
莫埃利岛
马约特岛（主权声称，有争议）
昂儒昂
莫埃利
