南京地铁S9号线是南京地铁翔宇路南至高淳的线路。为宁高城际轨道交通二期工程。根据2013年10月30日公示的第二次环评报告，二期工程工程名为“南京至高淳城际轨道交通禄口新城南站至高淳段工程”。线路全长52.386公里，其中地下线3.513km、高架线44.26km、地面线4.612km。线路共设6站，从接轨站翔宇路南站接出后，沿将军路、溧马高速、243省道、宁高新通道（跨石臼湖）、固城湖路、芜太路(S239)、东石固路沿线布置，新建铜山、石湫、明觉、高淳北、高淳5个车站，线路编号定为S9号线。该线路于2017年12月30日开通载客试运行。
南京地铁S9号线站点如下：
注：对于经过调整后于2020年5月26日起开行的直达快车，★表示工作日开行的列车，▲表示周末开行的列车，↑↓表示不停靠的车站。
南京地铁S9号线列车采用1拖2半动的3节编组B型列车，车体为铝合金鼓型车身，设计最高运行速度120km/h。
车体宽度2.8米，内部座位布局为横向2+2布局，设座位151个、站位核定载客量441人。
S9号线列车采用的和南京地铁S1、S3、S7等相同的中车南京浦镇CIVAS平台，正面车灯、车窗布局形似一张笑脸。S9号线车体内外皆采用作为线路标志色的亮黄色涂装。
S9号线车站以“雅趣”为设计主题，借助中国江南传统民居的花窗、屋顶等元素，选取白色与棕色作为车站主色调，与车站周围的郊野环境搭配和谐统一。
S9号线平均站距10.35千米，是南京地铁已建成路网中平均站距最大、运行速度最高的一条地铁线路。团结圩站与明觉站间线路距离为18.29千米，为南京地铁系统中最大的站间距。该段线路与宁高新通道12.7千米长的石臼湖特大桥并线，跨越石臼湖。因在车上所见景观与宫崎骏拍摄动画电影《千与千寻》中海上列车桥段类似，故该段线路也被部分民众誉为“海上地铁”。
S9号线各站停列车单程运行时间约36分钟，全程票价8元。开通初期，投入4列车运营，班次间隔为22分30秒；后续随着客流增长，南京地铁逐步增加运营车辆，至2020年3月，线路最小行车间隔约为15分。
2019年6月6日起，S9号线高淳站、翔宇路南站分别每日向对站开行两班直达快车（中途不停靠任何车站），运行时间压缩至约28分，直达快车的时刻表经过多次调整，目前实施的是2020年5月26日起生效的版本。
2021年7月21日，因南京市出现本土疫情，位于封控区的S9号线翔宇路南站、铜山站实行封闭、跳站运营，运行区间临时改为石湫站至高淳站。。7月24日起，全线暂停运营。8月19日，南京市交通运输局副局长郑春发在新闻发布会上介绍，S9号线自8月26日起恢复运行。
2019年8月4日，团结圩站-高淳站下行区间接触网脱落，导致行经此路段的S9号线015016车受电弓毁损，车体、车顶设备损坏，列车失去运行能力。后该列车退出运营并于2020年交由中车南京浦镇车辆进行修复。
2020南京地铁运营时间表确定. 中国江苏网. 2020-03-26 . （原始内容存档于2020-10-21）.
