生物分类法（英语：Taxonomy），又称科学分类法，是用生物分类学方法来对生物的物种分组和归类的办法。以级别为基础的系统层次结构中使用的一个固定数量的层次，域、界、门、纲、目、科、属和种。无级别系统使用任意数量的层次。分类的群体被称为分类单元。
现代生物分类法源于林奈的系统，他根据物种共有的生理特征分类。在林奈之后，根据达尔文关于共同祖先的原则，此系统被逐渐改进。近年来，分子系统学（英语：Molecular phylogenetics）应用了生物信息学方法分析基因组DNA，正在大幅改动很多原有的分类。
生物分类法属于系统分类学。
尽管林奈当时对生物分类只是为了方便鉴别，现在人们已经广泛赞同分类应反映出达尔文关于共同祖先的原则。
随着1960年代支序分类（cladistics），或称分支学说（cladism）的出现，一个分类单元被定位在演化树的某个位置。如果一个分类单元包括且仅包括某一个共同祖先的所有后代，称其为单系群（monophyly）；相对应的，若该单元包括其共同祖先，但未包括其所有后代，则称之为并系群（paraphyly）；若该分类不包括其最近共同祖先，则称之为复系群（polyphyly）。根据分支学说，一个自然分类应该是单系群而非并系或复系。
目前正在计划一种新的命名法，称做“PhyloCode”，用来处理演化支（clade）而非分类单元（拉丁文taxon，复数taxa）。现在仍不清楚，这种新的命名法能否和其它的命名法则并存。
传统的分类受到林奈的两界说影响甚深。即把生物一律分为动物和植物，又以王国(界)来称呼这两大分类，可在二十世纪对于微生物和真菌的研究，便被发现其不适用。第一次突破两界说是1925年厄多尔德雀顿（英语：Édouard Chatton）以“王国（界）之上是帝国（域）”，借用政治和历史上的概念，创立“域”的最大分类单位，依照所有生物细胞的有无核，将之分为真核生物和原核生物两界。但本分类标准当时来说太过前卫了所以影响不大。
比较新的分类法中，域或称总界是最高的单元。三域系统最初被创立于1990年，此后逐渐被学界承认。目前，大多数学者已经接受这个系统，但仍有一些学者遵循五界系统。三域系统的基本特征是将原本在细菌界（或称原核生物界(Monera)中的古细菌和真细菌独立成细菌域（Bacteria）和古菌域（Archaea）。还有一些学者将古细菌列为第六个界但不接受三域系统。
最早已知的对生命形式的分类系统由希腊哲学家亚里士多德所建立。他将动物根据运动方式（空中，陆上或水中）分类。1172年塞维利亚的法官伊本·路世德（ibn Rushd，即阿维罗伊Averroes）将亚里士多德的《论灵魂》（拉丁文）翻译成阿拉伯文并删节。其原始注解已佚，但由斯考特（Michael Scot）翻译的拉丁文版本仍流传。
在中国，明代李时珍（约1518–1593）在药典《本草纲目》中，将生物药材分为草部、谷部、菜部、果部、木部、虫部、鳞部、介部、禽部、兽部和人部。瑞士教授康拉德·格斯纳（Conrad Gesner, 1516–1565）将当时已知的生物进行了分析性的归纳。
新大陆的发现为欧洲带来了很多新奇的动物种类的描述和标本。在16世纪晚期和17世纪早期，人们开始对动物进行了详细描述，先是人们熟悉的种类，随后逐渐扩展，直到形成了基于解剖学基础的足够大的知识体系。这些解剖学知识主要来源于医学解剖学家，随后昆虫学家和最初的显微镜学者将分类的范围进一步扩大。
卡尔·林奈（Carolus Linnaeus, 1707–1778）的巨著《自然系统》（拉丁文）在其一生中被改编过12次（1735年第一版）。在此书中，自然界被划分为三个界：矿物、植物和动物。林奈用了四个分类等级：纲、目、属和种。
林奈所建立了用于命名所有物种的学名的方法，并沿用至今。在林奈之前，命名一个物种需要很长的包括许多单词的名称，其中包括了对物种的描述，并且这些名称不固定。林奈将物种名称统一成两个单词的拉丁文名称，即学名，由此分开了命名法和分类法。这种生物命名的方法称作双名法，具体命名办法和书写规则参见双名法条目。
目前，命名法由命名法规（Nomenclature Codes）所管理。命名包括了不同等级的分类单元的名称。
尽管在汉语中，各物种及分类单元有对应的汉语名称，但在学术上为了方便交流和避免一物多名或一名多物的问题发生，所有国家仍通用拉丁语的命名法，物种的学名也专指双名法的名称。拉丁语的好处在于，它基本已经是一种“死语”，不再用作口语，因此相对稳定。
常见的五种细胞生物（果蝇、人、豌豆、酿酒酵母和大肠杆菌）的名称和分类如下：
注：
以下的分类级别可用于纲之下、目之下、或科之下。此种分类常见于分类阶层尚不够明确的生物，例如恐龙。这些分类级别也常被直接以“演化支”（clade）通称，以描述其确切分类位置的未定性。
在属以上级别的分类单元的学名通常由模式属的词干加上一个标准的后缀所构成。后缀的选择取决于分类单元传统上所在的大类别，如下表所示：
注意：
