全食超市（英语：Whole Foods Market）是一间美国的食品超级市场连锁店，专门销售有机食品，第一间店在1980年9月20日开幕。总部位于德克萨斯州奥斯丁，Whole Foods Market在美国、加拿大和英国皆设有分店。创办人约翰·麦克基（John Mackey）目前担任这间股票上市公司的执行长一职。
1978年，约翰·麦克基和芮妮·罗森（Renee Lawson）向亲友借贷了45,000美元在德克萨斯州奥斯丁开设了一间名为“SaferWay”的自然食品小商店（其店名是另一间超市“Safeway”的谐仿）。
两年后，麦克基与克雷格·威勒和马克·史基勒合作，将SaferWay与另一间商店“Clarksville Natural Grocery”合并，并在1980年9月20日开设了第一间全食超市。当时的店面面积为12,500平方英尺（1,160平方米），共有19名员工，与当时其他健康食物商店的标准比较起来，全食超市是一间大型的商店。
从1984年起，全食超市开始在奥斯丁以外的地区开店，包括休士顿、达拉斯和纽奥良等城市，并在1988年买下了“The Whole Food Company”公司。1989年，全食超市扩展至美国西岸，在加州的帕罗奥图开设了分店。Whole Foods Market在1990年代间陆续收购了各地其他的自然食品连锁店，并持续扩展旗下的店铺网。2001年纽约市曼哈顿分店开幕，2002年则在加拿大多伦多开设了分店。夏威夷分店则在2007年正式开幕。
全食超市在2004年收购了七间“Fresh & Wild”超市后正式进军英国市场。2007年6月，伦敦肯辛顿高街上开设了英国第一间的全食超市，店内共有三层楼，总面积约为80,000 sq ft（7,400 m2）。
2017年6月16日亚马逊公司以每股42美元现金，斥资137亿美元收购全食超市。收购完成后，全食超市仍将以现有的品牌运营，约翰·麦克基将继续担任首席执行官。
