莫干翼龙属（属名：）是翼龙目的一属，化石发现于中国辽宁省西部，地质年代为白垩纪早期。
正模标本（编号41HIII0419）发现于辽宁省西部建昌县喇嘛洞镇的小三家子村，属于著名的义县组，地质年代约1亿2500万年前，相当于阿普第阶。化石是一个几乎完整的头颅骨、下颌、第二到第四节颈椎，位于两块互相对应的石板上，在分开石板的过程中，某些骨头遭到损坏。化石交由河南地质博物馆管理、保存。
在2012年，古生物学家吕君昌、徐莉、吴炎华等人将这个化石进行正式叙述、命名，模式种是朱氏莫干翼龙（）。属名意为“莫干的翼”，是以两位中国古代传奇铸剑师干将和莫邪为名，意指化石的狭长嘴部外形类似剑；种名则是以化石捐赠者朱海芬女士为名。
莫干翼龙是种大型翼龙类。头颅骨长约95公分，最长的第四节颈椎长度为14.5公分。到目前为止，这个头颅骨是已知最大型的有牙齿翼龙类头骨。吕君昌等人估计，这个化石的生前翼展至少宽5米，有可能超过7米，这使得莫干翼龙成为最大型的翼龙类之一。
研究人员也列出莫干翼龙的可鉴定特征。颌部狭长，边缘笔直。嘴部有至少62颗牙齿。鼻眶前孔（Nasoantorbital fenestra）呈长方形，长度约是口鼻部的22%。莫干翼龙的颅顶后方，有长而狭窄的头冠，朝头后方延伸，与头颅骨之间呈15度夹角。头颅骨的长度是高度的11.5倍（不计算颅顶头冠的状况）。
莫干翼龙的上颌、下颌非常狭长。头颅骨最高处约6公分，越往前段越扁平。上颌前段有个低矮的三角形头冠，长5公分，高6毫米。颅顶头冠被石板边缘分开，因此无法得知颅顶头冠的完整形状。下颌长68.5公分，边缘笔直，没有中线隆脊。上颌、下颌的高度相近，前端尖锐。莫干翼龙的头颅骨侧面，类似一把狭长的剑，颅顶头冠类似剑柄。
莫干翼龙的嘴部有圆椎状的长牙齿，牙齿直立、略微弯曲，长31毫米。研究人员估计，上颌每边有15颗牙齿、下颌每边有17颗牙齿，总计约64颗牙齿，而实际发现了62颗牙齿，有两颗牙齿脱落、遗失。牙齿分布于口鼻部前端到鼻眶前孔的正下方。上颌、下颌骨头内部可发现明显的倾斜结构，目前还无法得知这种结构的功能。颅顶头冠、颈椎也可观察到中空结构。第二到第四节颈椎长度分别为11公分、11公分、14.5公分，第四节颈椎的长度是高度的7.25倍。
莫干翼龙被命名时，被归类于北方翼龙科，是爬虫类的姊妹分类单元，两者都属于莫干翼龙亚科（Moganopterinae）。
以下演化树来自于吕君昌（2012）的命名研究，只显示出鸟掌翼龙超科的部分：
北方翼龙
振元翼龙
飞龙
莫干翼龙
无齿翼龙
夜翼龙
穆氏翼龙
郝氏翼龙
帆翼龙
努尔哈赤翼龙
玩具翼龙
鸟掌翼龙
古魔翼龙
残喙翼龙
