比萨的历史悠久、复杂，并且不确定，因此它经常引发激烈的争论。“比萨”（"pizza"）一词的起源并不明确，但它在997年第一次出现在中古拉丁文中。在十六世纪的那不勒斯的一个格雷薄干脆饼（galette flatbread）被看作一个比萨。
那时候，比萨是面包师的一种工具，就是一个检测炉内温度的生面团。作为一种穷人的食品，比萨在大街上出售，在很长时间里没有被当作一种正式菜肴。在十七世纪以前，比萨上面覆盖着白汁沙司。后来，它被替换成了油、奶酪、番茄或者鱼，1843年，大仲马阐述了比萨上面的东西的区别。1889年6月，出于尊敬意大利王后Margherita of Savoy的目的，Raffaele Esposito厨师创造出了“玛格利特比萨（Pizza Margherita）”——一个装饰有番茄、意大利干酪和罗勒的比萨，来表现意大利国旗的颜色。他是第一个往比萨上加奶酪的人。关于在古代和中世纪的地中海地区，薄干脆饼（flatbreads）上的各种调料是怎么逐渐被添加上去，最终形成20世纪的这种流行佳肴的，人们还不完全清楚。
面包是一种最古老的预加工食品并且至少能回溯到新石器时代。
对这种独特的薄干脆饼（flat bread）——“比萨”——的创新就是把番茄加在饼上面。在十六世纪，番茄被人们从美洲带到欧洲的一段时间以后，很多欧洲人认为番茄有毒（就像一些其它的茄属植物）。然而在十八世纪后期，那不勒斯一带的穷人们把蕃茄加在他们的发酵薄干脆饼（yeast-based flat bread）上的现象很普遍了，于是比萨就诞生了。这道菜肴变得很流行，并且不久以后，比萨就变成了那些希望到这个城市的穷人区去探险、并体验当地特色的旅行者的关注点。
约1830年以前，比萨是在比萨店外的露天货架或摊贩那里出售的。比萨店把这种古老的传统一直保存到今天，你可能看到一个人享受着一个纸包的美味比萨，还有一杯从露天货架上购买的饮料。那不勒斯的Antica Pizzeria Port’Alba被普遍地认为是城市的第一个比萨店。1738年，他们开始为小贩们制作比萨；但是在1830年，他们扩大成了一个带有椅子和桌子的比萨餐馆。至今他们还在秉承承诺提供皮萨。在1830年左右的那不勒斯，法国作家、食品专家亚历山大·仲马（大仲马）在他的著作《Le Corricolo》第八章对比萨进行了描述。他写道：比萨是一种在那不勒斯的冬季里下等人们的唯一食物，并且“在那不勒斯，比萨上面加有猪油、牛油、奶酪、番茄或者凤尾鱼”。
那不勒斯人对待比萨非常认真。纯化论者——例如Via C. Sersale著名的比萨店“Da Michele”（建立于1870年）认为仅有两种真正的比萨——“Marinara”和“Margherita”，并且他们只卖这两种。Marinara是最古老的一种，它上面有番茄、牛至、大蒜、特级初榨橄榄油，通常还有罗勒。许多人相信，他之所以叫做“Marinara”，不是因为它上面有海产食品（确实没有），而是因为它的原料易长久保存，故而水手们“marinai”能在其漫长的旅程中准备披萨。Margherita比萨归功于烘焙师Raffaele Esposito。Esposito工作在一个叫“Pietro... e basta così”（直译为“彼得……这些够了”）的比萨店。这个店建于1880年，并仍以“布兰迪比萨店”的名字运营。1889年，他为意大利国王翁贝托一世和王后Margherita of Savoy烤制了三个不同的比萨。王后最喜欢的那一个显示了意大利国旗的三种颜色——绿色（罗勒叶）、白色（莫泽雷勒干酪），和红色（番茄）。为了表达对王后的敬意，这种比萨被叫做Margherita比萨。
比萨最初是在19世纪晚期随意大利移民来到美国的，且仅流行于一些有大量意大利裔人口的城市，如旧金山、芝加哥、纽约和费城，比萨最初是在意大利街区售卖的。
比萨饼这个词的文字记录可追溯至公元997年，一本出自意大利南部城市加埃塔的拉丁文书籍。这个词的起源并不确定而且具争议性，它的发展可大致可分为以下七种主要的理论：
