总菌落数检测一般应用于饮用水水质之监控。其主要功能是作为饮用水水质处理效能之评估，以及输配管线是否遭受污染之监控。温泉水法规也将之列为水质微生物标准之检测项目之一。
水质微生物总菌落数的检测包括有混合稀释法(Pour plate method)、涂抹法(Spread plate method)及滤膜法(Membrane filter method)三种。三种总菌落数的检测方法其使用的培养基、操作方式各有差异，因此数据并不宜互相比较，操作人员可以依法规需求、样品特性、仪器及操作方便性等选择其一进行检测；惟在检测之前须视样品浓度进行适度的稀释，目的是将样品中微生物在单位体积内的数目，降低至可以计数的范围。在执行上常采用连续稀释法(Serial dilution)。稀释的倍数通常是以10倍体积连续稀释。而在稀释过程中需特别注意稀释样品必须完全混合均匀。混合通常使用振荡法混和样品，可以用手或振荡器混合，混合时不可有任何待测样品的泼洒。
混合稀释法是将定量的待测样品放入培养皿中，再加入未凝之琼脂培养基，混合后，待琼脂培养基凝固，于定温下培养。
涂抹法是将稀释好的样品定量放在固体琼脂培养基的表面上，利用角度约为120度的三角玻璃弯曲玻棒在培养基表面涂抹，旋转培养皿，至水样均匀分布于培养基表面。
滤膜法是利用水样过滤的方式，使水样中微生物在过滤的过程中，滞留在滤膜上方，然后将滤膜放置在m-HPC琼脂培养基上培养，由生长之菌落数得知经过滤的样品中微生物的数目。故此法常用于液体样品菌数的测定，使用时须准备过滤的装置和滤膜等相关设备。一般在以滤膜法进行计数时，样品中的菌落数最好在20-80菌落数(CFU)内，所以样品须先做适当的稀释。
