真菌病（英语：Mycosis，复数型为Mycoses）泛指病原性真菌或机会感染性真菌感染动物或人类导致的传染病 。真菌病相当常见，许多环境或生理条件都会为真菌感染创造了有利的条件。真菌通常透过吸入性或在皮肤上着生的方式感染，因此真菌病通常始于皮肤或肺部。有些真菌病只影响皮肤、毛发等体表部位，不造成严重健康问题，有些则可以造成严重的全身性感染。在约十万种已知真菌中，造成人体疾病的只占极少数，约不到200种。
据统计，真菌造成的皮肤病是2010年全球第四常见的疾病，有高达9.84亿人感染。另外也有统计显示每年有高达160万人死于真菌病。
临床上，真菌病可依照感染的部位分成表浅真菌病、皮肤真菌病、皮下真菌病与全身性真菌病。
表浅真菌病（superficial mycoses）的感染只局限在皮肤与毛发的表层，通常不是严重的疾病，但可能造成美容问题。常见的例子包括花斑癣（俗称汗斑），为糠疹马拉色氏霉菌造成，在皮脂腺中生长，发生于胸部、手臂、背部等，造成表皮较浅或红棕色的色斑。造成这种真菌过度活跃的原因包括潮湿的天气与免疫系统较弱时，但此病不会对健康造成重大影响，用药擦拭患部或天气冷时就会自动痊愈 。
皮肤真菌病（cutaneous mycoses）的感染部位包括皮肤真皮、指甲及毛发基部，虽不会对健康造成重大威胁，但通常为慢性，不易治疗，且不同于表浅性感染，皮肤感染常会刺激宿主的免疫反应。足癣即是皮肤感染的一个著名例子。造成皮肤感染的真菌称为皮肤真菌（英语：Dermatophyte），相关疾病则常被称为癣或皮癣菌病。皮肤感染通常是由毛癣菌（）、小孢癣菌（）及表皮癣菌（）等三个属造成，共约包含41种真菌。毛癣菌可感染皮肤、毛发及指甲，小孢癣菌只感染皮肤与毛发，表皮癣菌则只感染皮肤及指甲 。皮肤真菌的感染局限于皮肤、指甲与毛发等部位，即使在免疫缺乏的病人体内也不会扩及其他部位而造成全身性感染。
皮下真菌病（Subcutaneous mycoses）是真菌感染皮下组织及肌肉等引起的传染病。真菌通常是透过皮肤创伤进入皮下组织，形成溃疡、肿块，病程迁延且不易治疗。有时甚至得动用如清创术（英语：debridement）的手术治疗。皮下感染型真菌包括许多属，所引发的疾病包括着色芽生菌症（英语：chromoblastomycosis）、真菌足菌肿（英语：Eumycetoma）、褐色丝菌症（英语：phaeohyphomycosis）及孢子丝菌症等，其中前三种都只发生在热带地区。孢子丝菌病则是申克氏孢子丝菌从手部伤口进入造成的感染，因为患者多为农夫或园丁而又称“玫瑰园丁症”。
全身性真菌病（systemic mycoses）又可分为可分病原性（pathogenic）及机会性感染（opportunistic）两种，遍及血液、肺、脑脊髓液、耳、眼、尿道等，有致命的危险 。长期服用抗生素的患者为高危险群，因为抗生素不仅杀死致病的菌种，也杀死正常存在人体的细菌，改变了口腔、肠道及阴道菌丛内的微生物平衡，并造成真菌的过度生长。艾滋病患者、糖尿病患者、癌症患者、接受器官移植者、接受甾体治疗者及接受化疗者等免疫缺乏者受到全身性感染的风险也较高。
造成病原性感染的真菌可感染免疫力正常的人群，其感染通常从肺部开始，并扩散至全身，且此类真菌常为温感两型性，意及在不同温度下型态有所差异，在一定温度之下为菌丝型，之上则为酵母菌（单细胞）型。常见的两个例子为皮炎芽生菌（英语：Blastomyces dermatitidis）及荚膜胞浆菌（英语：Histoplasma capsulatum），两者均为北美洲常见菌种 。
机会性真菌为人体之正常菌种，也存在于土壤和腐烂的植被中。这些真菌的毒力（virulence）或病毒性很低，只有在消耗性疾病、或使用免疫抑制剂、或其他影响免疫的治疗、或放射疗法时，才可以建立感染，称机会性真菌病（B48.7，ICD-10）或机会性真菌感染，目前在国际疾病分类中大多被笼统地归于未归类真菌病B48之下。典型的易感人群包括艾滋病患者、过度服用抗生素者、接受免疫抑制疗法者、或远端转移癌症患者。最普遍的伺机感染性真菌为白色念珠菌（B37）及新型隐球菌（B45），其它如麹菌、根霉菌也属此类，会对肺部造成伺机感染 。
在最新的国际疾病分类ICD-10CM中，已经明确分类的真菌病有13个。有些新发现的病种虽然病原菌已经被鉴定，但因为没有造成流行规模，目前没有独立成类，而是暂时被归于B48（未归类真菌病）之下。有些真菌病的致病菌没有鉴定清楚，无论是什么原因造成的，都被归于B49（难辨认真菌病）。
真菌病可用抗真菌剂治疗，依照感染程度使用局部或全身治疗。因为真菌细胞与人类同为真核，故对真菌有毒之物质通常也对人类有害，抗真菌剂通常藉真菌细胞膜上的脂质（麦角固醇，有别于动物之胆固醇）产生作用。如多烯烃类（英语：polyene）及唑类化合物，前者与麦角固醇作用，改变其细胞膜对离子的通透性而造成细胞质渗漏，后者则抑制麦角固醇的合成，又可依其构造细分成咪唑型与三唑型。
其他抗真菌剂还有5-氟尿嘧啶（抑制DNA与RNA合成）、灰黄霉素（阻止微管形成）及碘化钾（用于孢子丝菌症的治疗）等。
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