藤井茂太（1860年11月3日（万延元年9月21日(旧历)） - 1945年1月14日）为大日本帝国陆军军人。最终阶级为陆军中将。
为福本藩公务员・藤井义柄的二男。外国语学校、及日本陆军幼年学校毕业。1880年12月陆军士官学校（旧制第3期）毕业。历任野炮第2大队军官。1885年12月陆军大学校（第1期）毕业。
历经参谋本部第2局参谋人员、大清帝国出差、陆大教官、德国留学、兵站总监部军官等职。甲午战争时，担任第2军参谋（后方主任）随军出征。之后历任陆大教官、奥地利公使馆武官、陆大教官兼教导主任、陆大干事。1902年6月进级陆军少将，担任陆大校长。
日俄战争时，担任第1军参谋长随军出征。以后历任陆军炮工学校校长、东京湾要塞司令官等职。1909年8月进升陆军中将，担任野战炮兵监、第12师团长等职。1914年8月编入预备役。
