九芎坑断层（英语：Chiuchiunkeng Fault），位于台湾西南部的活动断层，属于逆移断层，约呈北北东走向，由云林县古坑向南延伸至嘉义县竹崎附近，长约17公里。
由野外地质调查结果，九芎坑断层是一条逆移断层，北起荷苞山南侧，向南经梅山到竹崎南方水景头附近，断层长度约17公里。九芎坑断层带的宽度在石牛溪剖面约850米，由数条分支断层所构成，愈往南断层带的宽度逐渐减小。在地形上，断层造成数条平行的小崖，此一特征由石牛溪向南可追踪到梅山乡九芎坑附近，而至竹崎以南地形特征则渐不明显。
由九芎坑断层截切的阶地砾石层的定年结果，距今47,100+1,750年至18,540±130年之间至少有一次活动纪录，而距今18,540年前以来也曾经活动过；由于标本采自低位的河阶砾石层，研判九芎坑断层最晚的活动时间可能更年轻。
由大地测量的结果，在1996~1999年间，九芎坑断层在两侧断盘的平均水平位移速度皆小于10毫米/年，而1999~2005年间的平均位移场则显示，断层上盘与下盘的速度向量差约13 毫米/年。近断层的速度场变化则显示，1996~2005年间横跨九芎坑断层的平行断层走向的水平分量均小于1.0毫米/年；在1999~2005年间垂直断层走向的水平分量，由0.2毫米/年，增加至9.7毫米/年；这些资料指示九芎坑断层具有相当的活动潜势，而近期的运动方式为逆移形式兼具左移分量。
九芎坑断层，由存疑性活动断层改列为第二类活动断层。
