圣胡安溪（英语：San Juan Creek），又被称为圣胡安河（英语：San Juan River），是一条位于美国加利福尼亚州橙县的溪流。圣胡安溪长约47千米（29英里），流域面积约347平方千米（133.9平方英里）。圣胡安溪的干流始于克利夫兰国家森林内的圣安娜山脉南部，穿过圣胡安峡谷后溪流会往西南方流动，并在流经圣胡安 - 卡皮斯特拉诺后与阿罗约特拉布科（英语：Arroyo Trabuco）汇合，最终流入位于多尼州立海滩的太平洋。此外，圣胡安峡谷是74号加利福尼亚州州道（奥尔特加高速公路）的其中一段主要路线。
在1770年代西班牙殖民之前，美国原住民部落阿贾凯姆人（英语：Acjachemen）曾经居于圣胡安溪流域一带。后来，西班牙传教士在抵达当时的新西班牙加利福尼亚省后，成立了圣胡安·卡皮斯特拉诺传教站（英语：Mission San Juan Capistrano），并把阿贾凯姆人更名为胡安尼奥人。最初，圣胡安溪流域内大部分土地均用作农业和牧场用途，直至1950年代发展商开始在流域内进行大规模的郊区住宅开发，土地用途才有所转变。自此，人口膨胀使当地河溪的河漫滩逐渐被蚕食，而发生在20及21世纪的洪水亦在该流域造成严重财产损失。
圣胡安溪流域是16个主要原生植物族群和数百种动物的家园。但预计到2050年，流域内约48%的土地将会被城市化。此外，城市径流改变了圣胡安溪的流态，并把污染物引至河流系统内。尽管圣胡安溪的干流没有大型的引水道及水坝，但圣胡安溪的部分支流（例如阿罗约特拉布科及奥索溪）则因城市发展的关系而被改造或渠道化。
圣胡安溪发源于圣安娜山脉（英语：Santa Ana Mountains）的圣胡安峡谷的头部内，而该处位于埃尔西诺湖的西南方。圣胡安溪分别由莫雷尔峡谷溪（Morrell Canyon Creek）及熊峡谷溪（Bear Canyon Creek）合流而成。莫雷尔峡谷溪先后流经埃尔西诺山脉西部及圣安娜山脉南部，并在海拔约520米的地方与熊谷溪汇合，从而形成圣胡安溪。之后，溪流流经陡峭且遍布急流及瀑布的峡谷，包括长约4.6米（15英尺）的圣胡安瀑布及9.1米（30英尺）的奥尔特加瀑布。在流经这个长约3.2千米（2英里）的山谷后，溪流会与右方支流狮子峡谷溪（Lion Canyon Creek）合流。之后，溪流会穿越奥尔特加高速公路（74号加利福尼亚州州道的其中一段）的一段石拱桥。流经桥梁后，溪流会与发源自圣胡安温泉的右方支流温泉溪（Hot Springs Creek）合流，然后再在约610米（2,000英尺）外的河段与冷泉溪（Cold Springs Creek）汇合。及后，溪流又会在约1.6千米（1英里）外的河段与左方支流卢卡斯峡谷溪（Lucas Canyon Creek）合流。
在卡斯珀斯原野公园内，位于圣安娜山脉山脚下的圣胡安峡谷变得更为宽阔。流经峡谷底部的圣胡安溪的两旁河岸被厚实的冲积层所覆盖，时至今日该处仍然用于耕作和放牧用途。之后，溪流会往南方流动，并先后与右方支流贝尔峡谷溪（Bell Canyon Creek）及左方支流韦尔杜戈峡谷溪（Verdugo Canyon Creek）合流。溪流之后会改往西北方向流动，并先后与左方支流特兰帕斯峡谷溪（Trampas Canyon Creek），以及右方支流卡纳达·戈贝纳多拉（英语：Cañada Gobernadora）及卡纳达·奇基塔（Cañada Chiquita）汇合。及后，溪流会再次改往南方流动，并在圣胡安峡谷下游约18.2千米（11.3英里）、贝尔峡谷下游约12.1千米（7.5英里）的位置流入圣胡安 - 卡皮斯特拉诺市内。
在穿过5号州际公路后，溪流会流进带有混凝土堤坝及土质河床的梯形防洪河道内，并先后与埃尔霍诺克溪（英语：El Horno Creek）及阿罗约特拉布科（英语：Arroyo Trabuco）汇合。最后，溪流会流经圣胡安 - 卡皮斯特拉诺及达纳角之间的边界，并直接流进多尼州立海滩（英语：Doheny State Beach）北端的一个淡水潟湖内。该潟湖由沙舌形成，并阻挡河水流进太平洋，但在流量高的时候河水亦会越过沙堤并溢出至卡皮斯特拉诺湾。
圣胡安溪流域横跨橙县南部及一部分河滨县，共占地347平方千米（133.9平方英里）。圣安娜山脉占据了流域的北部、东部及南部大部分地区，而圣华金山则与流域的西南部接壤。除了圣胡安溪外，它的两个主要支流阿罗约特拉布科及贝尔峡谷溪都同样发源于圣安娜山脉。虽然流域内有超过一半的土地处于未经开发的状态，但亦有为数不少的城市位处其中，包括达纳角、拉古纳希尔斯、米申维耶霍、兰乔圣玛格丽塔、圣克利门蒂、圣胡安 - 卡皮斯特拉诺，以及非建制地区的特拉布科峡谷（英语：Trabuco Canyon, California）等。
流域内有着四个主要的冲积河谷：圣胡安溪谷、阿罗约特拉布科溪谷、奥索溪谷及贝尔溪谷。圣胡安溪谷位于流域的南部，其中都市化程度较低的地区集中于溪谷的西南部（例如圣胡安 - 卡皮斯特拉诺及达纳角等），而大部分农村地区则位于溪谷的东北部，并延伸到圣安娜山脉的山麓地区。阿罗约特拉布科溪谷在流域北部（兰町圣玛格丽塔郊区的一部分）形成了一个大面积的冲积平原，称为“普莱诺特拉布科”（Plano Trabuco）。奥索溪谷较为狭窄，向南穿过米申维耶霍及拉古纳希尔斯，而溪谷内大部分地区已城市化。相较其余三个河谷，贝尔溪谷的都市化程度最低，它主要位于克利夫兰国家森林、斯塔尔农场保护区及卡斯珀斯原野公园。另外，流域内还有着19条主要支流。
加利福尼亚州水利部辖下的圣胡安水文区（San Juan Hydrologic Unit）是一片横跨橙县、圣地亚哥县及河滨县的梯形区域，面积约为1,300平方千米（500平方英里）。区内包含了亚里索溪、盐溪、圣马特奥溪等的沿海流域，而它们的海拔及气候均相似。另外，区内的海拔范围为0至1,700米（自海平面起至最高点圣地亚哥峰）。该区为地中海式气候，夏季炎热干燥，冬季凉爽潮湿。区内的降雨主要发生于每年的10月至4月之间，平均降雨量为300至410毫米（12至16英寸），而山区的降雨量则更多。除了降雨外，圣胡安溪还从农业地区、城市及其他源头获得额外的地表径流，这引致溪流的旱季流量出现反常现象，而这些径流更会把垃圾、重金属、油份、农药和化肥等污染物输送至溪流内。奥索溪是流域内最严重的污染源。根据《洛杉矶时报》的一篇报导，一名南加州的环保主义者为了取回意外掉落至上奥索溪水库的舷外引擎，而前后花了三天时间潜进该水库，后来他表示自己的皮肤因过敏而引起荨麻疹及疖肿，胆囊也出现问题，并在两年半内前后接受了六次手术。
另外，圣胡安溪流域的平均梯度为29%，除了会影响鱼类及其他河流生物的迁移外，还把阿罗约特拉布科上游的水生环境与圣胡安溪流域的其余部分分隔开来。
圣胡安溪流域与复杂的断层带交错，而流域内的溪流倾向沿着断层痕迹形成峡谷。克里斯蒂安尼托斯断层沿奥索溪往东南至西南方延伸，并在圣胡安溪河口以南11千米（7英里）处越过外海。米申维耶霍断层与克里斯蒂安尼托斯断层的走向平行着，但其终点则位于更南端的圣迭戈县。该地区首次纪录的地震发生于1812年，该次地震摧毁了仅在六年前建造的圣胡安·卡皮斯特拉诺传教站，四十人在土坯教堂倒塌时遇难。其他较为重大的地震发生在1862年、1933年及1938年。
圣胡安溪流域内的土壤大部分为沉积岩，经风化侵蚀后逐渐崩解为碎屑，导致河流中下游的河漫滩有着大量的沉积物。根据1978年美国农业部所发表的土壤总体图，圣胡安溪流域内的土壤类型大致可分成六类，从低至高依次排列分别是梅斯-圣埃米吉迪奥（Metz-San Emigdio）、索伦托·莫乔（Sorrento-Mocho）、迈福德（Myford）、阿罗-波桑科（Alo-Bosanko）、谢内巴-阿纳海姆-索珀（Cieneba-Anaheim-Soper）及弗里安特-塞尼巴-艾斯卓克（Friant-Cieneba-Exchequer）。另外，流域内陡峭山丘在遇到暴雨或地震时容易崩塌。
在过去的120万年内，圣华金山的抬升成为了流经圣安娜山脉的溪流的一道屏障，阻挡了溪流的流动。冰川时期的气候变化使南加州的气候变得更为湿润。最近一次的变化发生在威斯康星冰期（70,000至10,000年前），当时该地区属于温带雨林，年降雨量超过2,000毫米（80英寸）。圣胡安溪的水流量增加，有助溪流保持其原有的河道，而不是转往流向东方或西方。
美国地质调查局分别在1928年至1969年及1969年至1985年这两段时期内，测量了流经圣胡安 - 卡皮斯特拉诺的一段圣胡安溪的流量。由于城市径流的增加，两段时期的数据有着明显差异。在1928年至1969年期间，该河段的平均流量为0.40立方米每秒（14.3立方英尺每秒），而在1969年2月25日该河段的最高流量为630立方米每秒（22,400立方英尺每秒）。另外，在1969年至1985年期间，该河段的平均流量为0.74立方米每秒（26.1立方英尺每秒），而在1978年3月4日所收集的数据显示该河段的最高流量为420立方米每秒（14,700立方英尺每秒）。1985年以后，美国地质调查局停止测量该段溪流的流量，但继续实时监测拉诺维亚街桥梁的水位。根据圣胡安 - 卡皮斯特拉诺的数据，自有纪录以来最大洪水发生在2005年1月11日，估计最高流量达到953立方米每秒（33,650立方英尺每秒）。
根据1977年加利福尼亚州水资源控制委员会的说法，圣胡安溪的地下水盆地的总容量约为1.1×109立方米（900,000英亩·英尺），而地下水天然补给量为估计为每年200,000,000立方米（160,000英亩英尺）。由于下游流域出现大规模城市化，减少了地下水天然补给量，反而导致更多的水改为流向太平洋。然而，灌溉用水及其他人类活动所产生的径流又为地下水盆地补充每年约46,300,000立方米（37,500英亩英尺）的水量。克里斯蒂安尼托斯断层与米申维耶霍断层把地下水盆地分为明显不同的上下部分。大部分地下水位于冲积层内，主要集中在海拔61米（200英尺）的位置，而较高海拔的地区几乎没有地下水。此外，位于圣胡安 - 卡皮斯特拉诺河段的地下水被科研人员认定属于优质地下水。
虽然圣胡安溪在一年大部分时间都能保持一定流量，但它其实是一条高度受季节影响的溪流，其流量在最为潮湿的1月至3月会较高，相反在其他月份流量则会逐渐减少。在降雨量较少的年份，溪流的下游部分甚至会干涸。每年从圣胡安流域流进太平洋的自然（未受影响）地表径流流量估计为每年6,400,000立方米（5,200英亩·英尺）。截至1993年，农业及城市径流大幅度提高了流进太平洋的平均流量，达到9,600,000立方米（7,800英亩·英尺）。现时，每年的最高流量约为11,000,000立方米（9,000英亩·英尺）。虽然当地的地表水及地下水用量正在增加，但基于相对较高的自然补给率，当地的地下水水位并未因而出现明显影响。
相较橙县内的其他流域，圣胡安溪流域的都市化程度较低，因此被百年一遇洪水所淹没的风险也大大低于同县的其他地区。根据计算，百年一遇洪水只会影响位于圣胡安 - 卡皮斯特拉诺内、圣胡安溪下游约0.8千米（0.5英里）宽的区域，并仅影响阿罗约特拉布科约0.32千米（0.2英里）宽的区域，主要原因是其河床有着大量壕沟。然而，美国陆军工兵部队认为圣胡安 - 卡皮斯特拉诺区内的许多堤坝不足以应对百年一遇洪水，并预计该种洪水将会造成1.49亿美元的财产损失。
圣胡安溪流域的上下部分本来皆有着丰富的河岸湿地及其他种类的栖息地，而在1950年都市化未实行之前，下游流域的湿地总面积更超过1.2平方千米（300英亩）。可惜的是，现时仍存在于流域内的湿地只剩下当初的0.3%。后来，当地政府提出溪流保育计划，当中包括动植物栖息地的保育计划。
圣胡安溪流域有16个重要的植被带，包括河岸湿地、山地林地、浓密常绿阔叶灌丛及海岸鼠尾草灌木丛（英语：Coastal sage scrub）等。季节性或间接性河岸湿地在一年内至少有数个月的时间会出现在流域的不同位置，包括圣胡安溪、阿罗约特拉布科上游、卡纳达·戈贝纳多拉、贝尔峡谷溪及其他上游河溪，以及沿着奥索溪及埃尔霍诺克溪的零星区域。森林位于高海拔地区，且其位置靠近水道。在一些朝南的山坡以及部分海拔较高的山坡及平顶山上，则分别发现了海岸鼠尾草灌木丛及浓密常绿阔叶灌丛的踪影。另外，在一些露岩及春池（英语：Vernal pool）上亦长著许多稀有的植物群落。然而，许多外来物种亦被引入至圣胡安溪域内，其中包括芦荻、蓖麻及烟叶植物，并沿溪流迅速扩散。虽然橙县政府已采取措施并致力于清除流域内的芦荻，但它仍然占领了圣胡安溪其支流的大片沿河湿地。
圣胡安溪流域有着丰富多样的植物群落，因此在历史上该流域曾养活多达12种无脊椎动物、5种鱼类、12种两栖动物、35种爬行动物、143种鸟类以及42种哺乳动物。部分溪流及池沼孕育著联邦政府列出的濒危/受威胁物种，例如潮汐虾虎鱼（英语：Northern tidewater goby）、仙女虾及加州红腿蛙（英语：California red-legged frog）。联邦列出的鸟类包括贝氏莺雀（英语：Bell's vireo）、加州蚋莺（英语：California gnatcatcher）、加州姬燕鸥（英语：California least tern）及西南柳鹟，而其他物种还包括太平洋小囊鼠（英语：Pacific pocket mouse）及季诺格纹蛱蝶（英语：Quino checkerspot）。随着流域的城市化进程持续加快，大多数较为敏感的物种已经退回流域的山麓、山脉及农场牧场等地区。1987年，科研人员仅在流域内确认了5种鸟类的踪迹，但针对鱼类、底栖无脊椎动物及某些昆虫的观测则因为考察地点的覆盖范围不足而未有确切结果。
许多历史记录均指出圣胡安溪为硬头鳟提供栖息地。然而，污染及外来物种（如蓝鳃太阳鱼及银花鲈鱼等的游钓鱼类）的竞争使溪流内的硬头鳟绝种。另外，圣胡安溪的细菌水平一度超出州标准的93%。河溪渠道化导致位于沿圣胡安溪下游约4.3千米（2.7英里）的河道、以及大部分阿罗约特拉布科和奥索溪的河岸湿地消失，同时减少了硬头鳟的栖息地。但在2003年，加利福尼亚州鱼类与猎物部（英语：California Department of Fish and Wildlife）收到三宗与硬头鳟相关的目击报告，其出没地点位于阿罗约特拉布科沿岸、一个邻近5号州际公路的水潭。对此，鱼类与猎物部游说加利福尼亚州运输部，表示希望在该处建造鱼道，但运输部其后指鱼道可能会影响5号州际公路桥梁的结构稳定性及附近的天然气管道，因此未有同意该计划。后来，相关项目由非牟利组织加利福尼亚鳟鱼（California Trout）及鳟鱼无限（Trout Unlimited）牵头，内容主要包括矫正阿罗约特拉布科下游的两个相邻屏障、为硬头鳟提供两条鱼道以及改善当地的基础设施等。鱼道设计已获加州渔业和野生动物局、加州野生动物保护局及野生动植物基金会拨款，项目预计于2025年完成。
在18世纪之前，圣胡安溪流域一直都是美国原住民部落阿贾凯姆人（英语：Acjachemen）的领土，由北部的亚里索溪一直延伸至南部的圣马特奥溪（英语：San Mateo Creek (Southern California)），距离约56千米（35英里）。大多阿贾凯姆人居住于圣胡安溪及圣马特奥溪这两条主要河溪沿岸，亦有少部分居于阿罗约特拉布科附近。该部落约有2,000名狩猎采集者，他们生活在靠近水源的半固定小村庄内。圣胡安溪干流沿岸有着五个村庄，其中三个位处圣胡安溪及阿罗约特拉布科的交汇处之下，另外还有四个村庄位流域的其他部分（主要是阿罗约特拉布科及奥索溪沿岸）。阿贾凯姆人的粮食主要以水果、橡子、谷物及肉类为主，而他们只有少部分人从事农业。此外，部落附近存在着贝冢，表明阿贾凯姆人也会从海岸收获贝类海鲜。这批原住民在流域内建造了永久建筑物，或会对自然环境产生重大影响。
欧洲国家针对上加利福尼亚省所作出的首次陆地探险发生于1769年，当时西班牙探险家嘉斯帕·德伯尔托拉（英语：Gaspar de Portolá）率领探险队往北途经该处，并于同年7月23日在圣胡安溪露营，而这次探险活动史称“德伯尔托拉探险（英语：Portolá expedition）”。随行的方济各会传教士胡安·克雷斯皮（英语：Joan Crespí）在他的日记写道：“我们来到一个非常优美的绿色山谷，到处都是柳树、桤木，常绿栎木及一些我们未知的树木。这里有一个很大的旱谷，在我们越过它的的那一刻，新鲜的淡水随即流入了谷内并作短距离流动，最后在一大片郁金香中形成水池。”翌年1月20日，探险队在返回圣地亚哥的旅程途中，再次于圣胡安溪的同样位置露营。
1776年，西班牙神父胡尼佩罗·塞拉在靠近溪流的位置（可能是与卡纳达·戈贝纳多拉的交汇处）建立了圣胡安·卡皮斯特拉诺传教站（英语：Mission San Juan Capistrano），并以传教站的名称为溪流命名。传教站的首个所在地后来因缺水而被遗弃，但有些历史文献指出该河溪是一条常流河。之后，传教站被转移至另一地点，即现今的圣胡安 - 卡皮斯特拉诺，而它至今仍然存在。透过传教站的洗礼过程，传教士们把阿贾凯姆人更名为胡安尼奥人（Juaneño）。西班牙人在圣胡安流域进行了首次有记录的人为水文变化，其中包括开挖灌溉渠道、从溪流引水、改变河溪的流向以及把它们渠道化。另外，由欧洲人引进、用于放牧的食草动物（主要是牛只，但后来因干旱导致当地的养牛业减少，而转为牧羊）消耗当地野生牧草，导致山坡裸露且更易遭受侵蚀。
阿罗约特拉布科的名称源于1769年的德伯尔托拉探险队，当时一名士兵丢失了一把雷筒（西班牙语：Trabuco），此后溪流便与该名称相关联。另外，奥索溪的语源则不可考。流域内许多河溪的名称都带有西班牙色彩，基于西班牙长时间占领该地区，这些河溪很有可能是早于加利福尼亚州加入美国之前便已经由西班牙征服者命名。
在发展城市之前，美国陆军工兵部队认为能够恢复在西班牙时期因过度放牧所造成的植被破坏。然而，随着位于圣胡安溪流域中部的5号州际公路建成，该地区摇身一变成为洛杉矶的睡城，同时亦导致许多剩余的草地、草甸及河岸湿地被永久清除。城市化土地的比例从1964年的3%增加至1988年的18%，而在1990年代，流域内的土地约有32%被城市化。在城市化的过程中，流域内多地居民赞成把其现居地组建为城市，甚或有新的城市建立，包括圣胡安 - 卡皮斯特拉诺、米申维耶霍、达纳角、尼古湖及拉古纳希尔斯等。随着圣胡安 - 卡皮斯特拉诺东部及兰乔米申维耶霍（英语：Rancho Mission Viejo）地区的持续发展，预计到2050年，流域内约48%的土地将会被城市化。
1960年代后期，邻近圣胡安溪河口的达纳角港建成，并在1971年7月投入使用。设于港口附近的防波堤成功防止海湾发生俗称“杀手达纳”的大规模的冲浪中断现象，但海湾内的水循环却在该现象消失后明显减弱。在此情况下，加上源自圣胡安溪的受污染径流继续流入海湾，使该水域的细菌含量激增。在多尼州立海滩，每年便有约850,000名游客因海水细菌含量过高而面临潜在的健康风险。
圣胡安溪流域发生了多次洪水。其中在1969年，位于阿罗约特拉布科的卡米诺·卡皮斯特拉诺桥以及位于圣胡安溪的加纳多桥先后被洪水摧毁，并需要以临时通道取代。1990年代，其中一次洪水发生在圣胡安 - 卡皮斯特拉诺北部的阿罗约特拉布科，形成将近9.1米（30英尺）的瀑布倾泻而下，并威胁附近一段铁路桥梁的基础，最终美国陆军工兵部队需要利用灌浆抛石快速加固桥梁基础。另外在1996年，连场暴雨导致圣胡安溪流域出现严重的水灾，同时造成圣胡安溪的泛滥，而洪水亦摧毁了圣胡安溪与阿罗约特拉布科交汇处的一段较长的混凝土河岸。及后陆军工兵部队把该次损坏归因于河岸底部出现严重腐蚀，导致混凝土失去支撑并因而破碎。附近一个居民区本来受到洪水威胁，但洪水在堤坝倒塌之前便已消退，因此该区并未遭受严重的伤害。最终，陆军工兵部队利用灌浆抛石修复出现腐蚀的混凝土河岸。1998年，与圣胡安 - 卡皮斯特拉诺市政厅相邻的两段阿罗约特拉布科堤坝因侵蚀而出现结构问题，最终洪水破坏堤坝并淹没市政厅区域，市政厅及邻近区域的员工、商店业主及居民被逼撤离。
2005年初，流域被更严重的洪灾所影响，在1月11日便已创下有史以来最高953立方米每秒（33,650立方英尺每秒）的流量。虽然洪水并未超过圣胡安溪可容纳的1,670立方米每秒（58,800立方英尺每秒）最高流量，但位于圣胡安 - 卡皮斯特拉诺一段防洪河道的西面防洪堤几乎失效。同年，当地政府在贝尔峡谷溪的两条支流上增设水泵，以消除兰乔圣玛格丽塔东部450公顷（1,100英亩）居民区的城市径流。水泵会把多余的水抽走并转移至储水池内，经处理后这些再生水将会在日后作灌溉用途。而在2009年至2013年期间，陆军工兵部队对圣胡安溪下游进行大范围的堤坝维修工程，同时关闭圣胡安溪自行车道约两年以便施工，但此做法却引来许多经常使用自行车道的居民抗议。
2018年8月6日，橙县圣安娜山脉西侧的圣吉姆峡谷（Holy Jim Canyon）发生山火，但经初步调查后确定其源于较少出现山火的特拉布科峡谷地区。由于现场高温及地形崎岖陡峭，加上山林一带有大量非常干燥的燃料，火势迅速蔓延。直到同年9月13日，这场被称为“圣火（英语：Holy Fire (2018)）”的山火才得以完全控制，但已烧毁约93.18平方千米（23,025英亩）土地。美国国家森林局火烧迹地应急响应小组（Burned Area Emergency Response (BAER) Team）预计该区的河溪流量及侵蚀率的增长将会在数年都处于较高水平，同时考虑到火烧迹地的大小及范围，敏感的土壤及植被可能需要更长的恢复时间，才可以能重新开放予居民作休闲活动。另外，小组评估火烧迹地可能会有较高机会出现洪水、泥石流、泥浆流、侵蚀及碎石，并会影响道路、步道、休闲区的安全性，以及阻碍长期的自然恢复，因此需要作出区域封闭、强化道路结构及增设障碍物等应急措施。
2019年初，一场强烈的冬季暴风雨横扫洛杉矶及橙县，导致这些地区出现洪水泛滥及泥石流，而在圣盖博山更录得多达130毫米（5英寸）的降雨量。事件导致一段位于橙县防洪区内、约61米（200英尺）长的防洪墙倒塌，橙县当局更一度向居于特拉布科峡谷一带的居民发出疏散命令。
5号州际公路加利福尼亚州段（圣迭戈高速公路）、1号加利福尼亚州州道（太平洋海岸公路）、74号加利福尼亚州州道（奥尔特加高速公路）、南加州都会铁路的橙县线以及美铁的太平洋冲浪者号列车等的主要公路及铁路都会横越圣胡安溪。
虽然圣胡安溪流域的发展不及其他同样位于橙县的沿海流域，但当地政府已在流域内进行一系列的改善工程，以解决水浸问题、减少水土流失及提供用作灌溉的再生水。历史上，整个流域内只有圣胡安溪及阿罗约特拉布科在全年或大部分时间都能保持一定流量。但是，越来越多的城市径流流进圣胡安溪及其支流，干扰了这些溪流在旱季时的流量。以奥索溪为例，它本是一条季节性溪流，但由于城市径流导致其流量增加，如今它已成为永久性溪流。另外，径流亦导致多尼州立海滩成为加利福尼亚州十大污染最严重的海滩之一。
位于奥索溪的上奥索水库及米申维耶霍湖（英语：Lake Mission Viejo）是流域内最大型的水库，蓄水量合共约9,300,000立方米（7,500英亩·英尺）。上奥索水库会把奥索溪的部分河水引流于灌溉，相反米申维耶霍湖仅为休闲而建造。偶尔，灭火飞机会在上奥索水库取水来扑灭发生在克利夫兰国家森林的山火。另外在2017年，自来水公司圣玛格丽塔水管区的董事会批准了公司在圣胡安溪流域内的特兰帕斯峡谷兴建水库的计划，该水库的容量约为6,200,000立方米（5,000英亩·英尺），主要用作收集及储存再生水。
为了防洪和处理水浸问题，当地政府把圣胡安溪下游一段约长5.6千米（3.5英里）的河段（从5号州际公路加利福尼亚州段大桥至多尼州立海滩的一段）渠道化，而与圣胡安溪交汇的阿罗约特拉布科，其邻近交汇处的一段河道同样被渠道化。另外，奥索溪的整段河道几乎被置换为人工河道。相反，贝尔峡谷溪及其余东部支流则保留了其自然特征。虽然1996年和2005年的洪水造成了严重破坏，但美国陆军工兵部队仍表示圣胡安溪及阿罗约特拉布科的堤坝在目前为止能提供高水平的保护。结果，橙县流域及沿海资源部针对圣胡安溪流域内各种堤坝可能破坏的场景进行了广泛研究。由于高水位事件频繁发生，圣胡安溪的一部分堤岸遭到严重的侵蚀及破坏，其后橙县政府展开溪流西岸堤坝的修复工作，并在2010年完成。为了应对暴风雨及可能出现的洪水问题，橙县防洪区为圣胡安溪及阿罗约特拉布科制定了一个合共八阶段的堤坝强化计划，包括在现有混凝土衬板的后方通道铰链处安装钢板桩墙，建造石砌防洪墙以增加出水高及进一步加固堤坝，以及防止堤坝失效等。虽然计划到目前为止尚未能显著增加河道的洪水容纳量，但它确实能为河道提供额外保护，并在较少影响环境的情况下防止出现灾难性溃坝。计划的第六阶段已在2018年竣工，而第四及第五阶段则在2019年基本完成。此项计划的第四至第六阶段更于2019年荣获美国土木工程师学会的年度最佳洪水管理项目。
圣胡安溪上中游部分都设置了不同类型的水坝。圣胡安溪上游、位于克利夫兰国家森林内的部分小型支流设有能控制水流的节制坝（英语：Check dam），而溪流中游、靠近卡纳达·戈贝纳多拉的位置则设有较为大型的蛇笼坝。虽然水坝早已淤塞并不再作蓄水之用，但其约0.91至1.22米（3至4英尺）的高低差仍对硬头鳟的洄游带来问题。溪流上亦设有一些引水堰，以便把水引流于灌溉、牧场经营及有限的市政用途，但由于引水流量有限及污水问题，这些设施的功效有限。另外，部分圣胡安溪支流设有许多运用跌水工法（英语：Drop structure）建造的构造物，用以减低水流流速及对河床河岸的侵蚀。以奥索溪及阿罗约特拉布科为例，这两条溪流分别设有7个及8个这类跌水工法构造物，且大多以乱石堆积而成。当中较为大型的构造物位于一条南加州都会铁路桥梁的下游，以及一条穿越5号州际公路下方的暗渠的终点。而圣胡安溪本身并未设有这类构造物。
