马吉安主义是由马吉安于144年所发展的神学思想，将二元论放在基督教的信仰中，是当时甚受欢迎的一种思想。他认为《希伯来圣经》（又称《旧约》）内所记载的上帝与耶稣基督的父的论述，有所不同，且《希伯来圣经》内本身充斥着矛盾。马吉安指《希伯来圣经》中的上帝是“创造的上帝”，讲求天谴，是充满愤怒且暴力的神；基督之圣父则是温柔敦厚的神。他摒弃了《希伯来圣经》，且只集合了数卷使徒保罗及路加的著作成为正典。
由于马吉安主义没有任何著作留下来，包括相信是记载马吉安思想的《对比论》（），他的主张及思想只有从反对他的人的著作中重新构筑出来。这些作者包括反对马吉安主义最厉害的铁徒良（著有五卷《反马吉安》）、爱任钮（著有《反异端》）等。在325年的第一次尼西亚公会议，马吉安主义被判为异端，而《圣经》的正典亦同时被确立。
马吉安主义的开展要追索至约在144年，马吉安被罗马教廷处以破门律开始。马吉安原是黑海一带的商人，在本都的富有基督徒，亦是一名主教的儿子。他约在140年到达罗马，其后发生巴尔·科赫巴的暴乱。这次的暴乱与其他犹太罗马战争（即犹太起义等），提供了马吉安主义发展的历史台阶。
马吉安利用罗马教廷向他归还的捐款开展自己的教会，与罗马教廷展开对抗。马吉安主义接着在西方发展接近300年，后数个世纪发展至东方，尤其是在拜占庭帝国以外充斥摩尼教的地区。凑巧地，现今相信摩尼是一个曼达安教拥戴者，而曼达安教与马吉安主义在某些程度上有关。举例说，曼达安教及马吉安主义均相信德谬哥。
马吉安主义在325年举行的第一次尼西亚公会议内，被判为异端。在《圣经》正典被确立的同时，于5世纪后消声匿迹。
马吉安主张基督教与犹太教非但是不同的宗教，还属于敌对，基于基督的教导与犹太教的互不协调，与及《希伯来圣经》的自我矛盾等，马吉安摒弃《希伯来圣经》，并指当中的上帝耶和华，虽然创造了这个世界，但却是邪恶的源头，所以不是完美的，而是一个低阶的德谬哥。马吉安主义受到当时希腊文化、罗马文化的影响，并从柏拉图主义的观点批判《希伯来圣经》。马吉安主张《希伯来圣经》的耶和华是矛盾、嫉妒、愤怒，还会实行种族灭绝的，而由祂所创造的物质世界，是一个充满患难的世界。创造这样的世界的神，必然是一个笨拙的或恶毒的德谬哥。
管理自然及人类的法则对马吉安而言，就与这个造物主因严厉的执行正义而易怒、好斗以及残酷的的特质相似，且必然是从祂而来，祂所以是世界的创造者及主宰。然而这套管理世界的法则是如此的不灵活，甚至充满矛盾及暴虐，这正与《希伯来圣经》表现的上帝一致。基督并非犹太人的弥赛亚，反倒是由独一个体所派来的灵体，将存在的真理彰显，使人性从德谬哥的陷阱中解放。很明显的，马吉安主义的基督论是根据幻影说：否认基督的人性。
马吉安在使徒中独推崇保罗及与保罗关系密切的路加，认为其他的使徒均被受犹太教的熏陶，唯独保罗从基督处获得救赎的真意。使徒们的著作当中，他只认同保罗及路加的作品。任何其他的著作及与《希伯来圣经》有关联的传统，他都认定是与真理相违背，而真理的重点就是由保罗所提倡律法与福音、愤怒与恩典、行为与信心、肉体与灵魂、罪与义、死亡及生命的争议。他从而将这些争议归咎于《希伯来圣经》中公义及愤怒的上帝，世界的创造者，福音的次等神，为满有爱心及怜悯的基督所不认识的。
马吉安修改了《路加福音》，删去了所有有关基督降生的预言，加上保罗书信（但不包括教牧书信及《希伯来书》）及伪经的《老底嘉书》，成为《对比论》。这本《对比论》虽不被接纳为《圣经》正典，但却是最早编辑成书的《新约圣经》。
马吉安主义虽然与诺斯底主义并不尽相同，但却与它的某些信念有着关系。但诺斯底主义是建基于他们认为他们所拥有的灵智，而马吉安主义则是着重保罗书信及耶稣的讲话的内容—亦即经典的内容。早期基督教神学家对于是否将马吉安纳入为诺斯底主义的一派而产生分歧。如阿道夫·冯·哈纳克就拒绝这种说法，他认为马吉安本身拒绝说明创造的传说，亦没有声称拥有任何特别启示或秘密知识；但米德却认为马吉安的二元论等思想与诺斯底主义不谋而合，应属于其中一派。
根据俄利根注释《马太福音》的著作的备注中，马吉安禁止使用寓意释经法来解释经典。特土良就曾在其著作中质疑马吉安的做法，并联同伊皮法纽指控马吉安将《马太福音》、《马可福音》及《约翰福音》摒弃及只使用《路加福音》。特土良推论马吉安这种做法是要回复耶稣的教导，并与爱任纽批评马吉安主义救赎的不完全。
希坡律陀指马吉安是相信幻影说：即基督以人的形象出现，本质却不是人，且没有真正在十字架上死去。
因为马吉安拒绝《希伯来圣经》，一些基督徒相信马吉安是反犹太主义者。事实上，现今“马吉安主义”亦会受来指一些存有反犹太主义的教会。另一方面，马吉安并不称基督徒为取代论的“新以色列”，亦从未曾引用《希伯来圣经》来支持自己的观点。但是，马吉安从未曾显示他是一个反犹太主义者，他只是反对犹太人的经典而已。
在一些《圣经》的古拉丁抄本中，保罗书信的序言（并非内文，只有数行简介的文字）相信是由马吉安或是他的跟随者所写的。据称，在最先有序言的富尔达抄本及其他其后的抄本中，该序言是由马吉安主义者所写的。相反，其他早期的拉丁福音书抄本亦有反马吉安主义的序言。
另外，相信马吉安对其跟随者施以严厉的道德要求，而当中有些曾在逼害中殉道，他更不接纳那些曾在罗马的逼害中放弃信仰的信徒。他的其他跟随者，如亚皮利，则独自创造另一些不同的教派。
原有的马吉安主义已于约5世纪消声匿迹，但是马吉安的影响及他对《旧约圣经》的批判一直延伸至今天。马吉安所谓在《旧约圣经》中找出的矛盾，亦是今天很多哲学家对基督教批判所引用，尤其是在经文内明显认可的暴力及种族灭绝。很多无神论者、不可知论者及人道主义者均认同马吉安有关圣经暴行的例子，并引用同样的经文来批评基督教及犹太教。有些基督徒亦同意马吉安所指《旧约圣经》内的种族灭绝并非一个好的模范去跟从，亦并非“公义的惩罚”。
对于某些现今自称为马吉安主义者，同样放弃《旧约圣经》而着重《新约圣经》。清洁派，或现今的清洁派运动，持马吉安同样的理由去拒绝《旧约圣经》，究竟他们是源自于马吉安主义或是自行创立的就不得而知了。托马斯·杰斐逊及托马斯·潘恩都是出名的自然神论者拒绝《旧约圣经》。其他如伏尔泰、查尔斯·狄更斯、查尔斯·罗伯特·达尔文、圣雄甘地及阿尔伯特·爱因斯坦等均表示反对《旧约圣经》的耶和华及钦佩耶稣。西蒙·威尔被认为是当代的马吉安主义者，尽管她是跟随重建后的马吉安主义，而非历史遗产的延续。
