马达加斯加，在二战期间的正式名称是法属马达加斯加，当时仍然是法国殖民地，自1885年以来一直处于法国政府之下。由于存在极其重要的港口，它在战争中发挥了重要作用。1940年法国沦陷后，马达加斯加成为自由法国运动与维希法国的重要争夺点，但岛实为维希法国所控制。由于大日本帝国海军部队在岛上停留了一段时间，这个岛屿在太平洋战区也是重要的。
1942年，英国和其他几支盟军发起入侵马达加斯加，试图保护其作为盟军重要航运通道的地位，并赶走了岛上的维希法军及徘徊在岛附近的日本海军。除了作为盟军供应线和主要部队提供者的关键环节之外，马达加斯加还被纳粹德国政府简单地视为解决犹太人问题的办法，1940年公开提出将欧洲的犹太人口驱逐到该岛。这项被称为“马达加斯加计划”的计划由于德军及意大利在非洲战事失利等原因从未实现过。该岛于1943年正式从英国移交给自由法国。
1885年，在签署“柏林条约”后，英国对马达加斯加的要求被撤回，马达加斯加完全置于法国的殖民统治之下。法国于1883年入侵马达加斯加岛，引发了一系列武装冲突，被称为法国-霍瓦战争，最终于1897年结束，伊默里纳王国女皇腊纳瓦洛娜三世被流放到阿尔及利亚，并成立法属马达加斯加保护国。
在法国统治下，马达加斯加经济以种植园为主，主要出口作物是糖，首都塔那那利佛进一步发展。在位于马达加斯加的北端的安齐拉纳纳市（当时称为迪亚哥-苏亚雷斯）建立了一个煤炭输出站，这是法国船只往东航行的停留点。在第一次世界大战中，成千上万的马达加斯加人被选入法国军队服役于西线，为未来征召马达加斯加男性人口保卫法国大陆奠定了基础。
第二次世界大战再次成千上万的马达加斯加男子进入法国军队的行列。这些马达加斯加应征入伍者中有34,000人是在1940年夏天投降的法国，另有72,000人仍然在马达加斯加等待前往欧洲。在法国被德国占领期间的马达加斯加军队受到严厉对待，因为许多人在被捕时遭到屠杀和即决处决。其他人在到达战俘营时被杀。这在一定程度上是由于德国的宣传将法国的黑人军队描绘成野蛮人。
在法属马达加斯加总督阿尔芒·安内特的领导下，殖民地政府承诺效忠贝当和维希法国，反对戴高乐加入自由法国运动的敦促。这一举动激怒了戴高乐，同时英国担心马达加斯加对维希政府的忠诚将为在该岛建立轴心国基地铺平道路。日本，德国和意大利的船只，特别是商船袭击者和潜艇，已经在岛上的水域作业，随意袭击盟军航运并造成多次损失。失去马达加斯加到意味着将东非海岸和印度洋暴露在轴心国攻击中。丘吉尔制定了一项计划，以夺取对马达加斯加的控制权，但戴高乐感到愤怒和惊讶，因自由法国军队被排除在外。
纳粹德国于1938年开始计划驱逐欧洲的犹太人，但是直到1940年6月，当弗朗茨·拉德马赫提出马达加斯加时，才有可能实施。其目的是将欧洲的犹太人运送到岛上，在那里他们将受到党卫军的严格控制，党卫军将像警察国家一样管理马达加斯加。这是所谓的“犹太人问题”的“最终解决方案”，这使数百万人被迫大规模送到到一个遥远的非洲岛屿，在那里他们将生活在有效的隔离区并与世界其他地方脱节。在四年的时间里，每年将有100万犹太人被送到岛上，假设情况太严厉，许多人将会死亡。
该计划从未实施过。德国在不列颠战役中遭遇失败，这意味着德国占领和征服英国，加上在非洲战事的失利，令商船队运送数百万犹太人变得不可行。1942年，马达加斯加被英国军队入侵并占领，使问题进一步复杂化。马达加斯加计划被取消，而犹太人口则必须通过工业化的种族灭绝来消除。
在战争的剩余时间里，马达加斯加坚定地留在盟军的手中，成为盟军航运线路的重要一环，作为西欧，东印度群岛，非洲和中东之间的枢纽，马达加斯加的迪亚哥-苏亚雷斯港仍然受到严密防御，并建立了盟军舰艇可以对抗日本潜艇的基地。1943年，英国军队离开马达加斯加，完全交由自由法国控制。但纳粹德国海军的U艇继续在马达加斯加周围的海域运行至少到1944年底。1944年8月，三艘U型艇在莫桑比克海峡沉没了8艘商船。 1944年9月5日，U-861在马达加斯加海岸附近击沉了一艘希腊货轮。
在1944年的布拉柴维尔会议上，戴高乐将包括马达加斯加在内的所有法国殖民地加入法国国民议会作为在全球反殖民情绪日益上升的情况下确保其忠诚的一种方式。
在战争结束时，成千上万的马达加斯加军队返回家园，为岛上已经不断增长的民族主义和支持独立的情绪作出了贡献。许多马达加斯加人对法国将其作为二等公民和强迫征兵进的行为感到愤怒。1946年，马达加斯加国民议会的代表提交了一项法案，授予马达加斯加独立于法国的权利。它被拒绝了。所有事件最终都在1947年的马达加斯加起义中达到高潮，当法国军队猛烈镇压叛乱时，岛上成千上万的人被杀。马达加斯加直到1960年才实现独立。
