藤原赖嗣（日语：藤原 頼嗣／ふじわら の よりつぐ ，1239年12月17日—1256年10月14日），又名九条赖嗣，日本镰仓幕府第五代征夷大将军。
又名九条赖嗣，九条家出自藤原北家。摄家将军藤原赖经之子、母亲为藤原亲能之女大宫殿。妻为执权北条经时之妹桧皮姬。
宽元2年（1244年）、父藤原（九条）赖经退位隐居，6歳的赖嗣被奉为征夷大将军，而赖经仍逗留在镰仓。其后名越光时等以藤原赖经为反北条氏势力的中心，被北条氏察觉后在建长3年(1251年)送还到京都。翌年藤原赖嗣也被解除将军之职，送回京都。
藤原（九条）赖经及藤原（九条）赖嗣二代被称为摄家将军。
宽元2年（1244年）4月21日元服。4月28日任为从五位上右近卫少将、征夷大将军宣下。8月25日升任正五位下。
宽元3年（1245年）1月13日兼任美浓权介。
宽元4年（1246年）11月23日升任为从四位下右近卫少将及美浓权介。
宝治2年（1248年）8月25日升任为从四位上右近卫少将及美浓权介。
建长元年（1249年）1月23日升任为正四位下右近卫少将及美浓权介。6月14日转任左近卫中将。
建长2年（1250年）1月13日兼任美浓权守。
建长3年（1251年）6月13日升任为从三位左近卫中将。
建长4年（1252年）2月20日辞任征夷大将军。3月回京都。
第1代：源赖朝
（1192年 - 1199年）
第2代：源赖家
（1202年 - 1203年）
第3代：源实朝
（1203年 - 1219年）
第4代：藤原赖经
（1226年 - 1244年）
第5代：藤原赖嗣
（1244年 - 1252年）
第6代：宗尊亲王
（1252年 - 1266年）
第7代：惟康亲王
（1266年 - 1289年）
第8代：久明亲王
（1289年 - 1308年）
第9代：守邦亲王
（1308年 - 1333年）
