东本愿寺(日语:東本願寺/ひがしほんがんじ )是净土真宗教派东本愿寺派(大谷派)的本山,位于日本京都府京都市下京区,建于1602年,正式名称为真宗本庙。净土真宗本愿寺派第11代法主显如于1592年去世后发生对立纷争。1602年显如长子教如得到大名德川家康支持创立教团,脱离显如三子、第12代门主准如主持的原本愿寺教团,另建新教团,但教如仍坚持自己是本愿寺正宗继承者、本愿寺第12代法主。由于新建寺院位于本愿寺派本山东侧,当地人习惯称之为“东寺”(お東),久之通称为东本愿寺。
东本愿寺在江户时期曾四次遭到火灾焚毁,现在寺院主体建筑为明治时期重建。日本统治台湾时代,大谷派曾到台湾布教,并曾在现今的台北市万华区建立东本愿寺。在满洲国时期,日本福昌公司在长春市修建了新京东本愿寺作为下院,被列入长春市保护建筑列表,保存完好,闲置中。
东本愿寺现任门主为第26代大谷畅裕(法号修如)。