1088年教宗选举于1087年9月16日教宗维克托三世离世后举行的教宗选举。由于维克托三世离世时对立教宗克雷芒三世正控制罗马，这次选举在维克托三世离世后六个月才举行。选举选出枢机团团长厄德·德·拉格理枢机成为教宗乌尔班二世。
根据由教宗尼各老二世于1059年发布的教宗诏书《以上主之名（英语：In Nomine Domini）》，主教级枢机是教宗选举的唯一选举人。以下为1088年3月教宗选举举行时的主教级枢机名单:39：
今次亦是首次允许司铎级枢机和执事级枢机参与选举。选举进行期间一位司铎级枢机代表和一位执事级枢机代表在场。以下为该两位枢机代表的名单:88 ：
1087年9月16日，教宗维克托三世于卡西诺山离世。由于当时对立教宗克雷芒三世当时正控制着罗马，教宗选举延至1088年3月才可以举行。1088年3月9日，各主教级枢机、大约40名主教和修道院院长于特拉西那主教宫旁的圣伯多禄及圣切萨雷奥教堂聚集。3月9日至11日期间，各神职人员进行禁食和祷告。3月12日，弗拉斯卡蒂主教、波多主教和阿尔巴诺主教一同提议奥斯蒂亚主教（英语：Cardinal-bishop of Ostia）厄德·德·拉格理成为教宗。很快，枢机选举人选出拉格理枢机成为教宗，并由阿尔巴诺主教伯多禄·阿尔多布兰（英语：Pietro Aldobrandini）宣布新教宗会选择“乌尔班二世”作为他的名号（英语：Papal name）。同日，乌尔班二世正式就任天主教第159任教宗。
选举结束后，乌尔班二世并未能即时返回罗马，最后他于1088年11月才成功回到罗马。
