上海申鑫足球俱乐部2013赛季是上海申鑫足球俱乐部在中超的第四个赛季，也是第11次征战中国职业足球联赛，俱乐部参加了2013年中国足协杯。
2012赛季中国足球超级联赛中，上海申鑫以6胜12平12负的成绩排名联赛第15，后因大连实德并入大连阿尔滨取消资格而得以继续征战2013赛季中国足球超级联赛。
赛季开始前，上海申鑫引进了上海申花队队长于涛，亚洲外援澳大利亚的迈克尔·马罗内，曾获得巴乙金靴的巴甲射手凯撒等球员增强球队的实力。此外，出于上海海派文化对蓝色的热衷，上海申鑫2013赛季起的主场球衣改成蓝色以强调本土化，并将主场迁回市区，落户浦东源深体育中心体育场。2013赛季，上海申鑫在艰难中坚定前行，踏踏实实走完了回上海的第二个赛季，上海申鑫以联赛第七的成绩，力压同城中超兄弟申花和上港，成为2013赛季中超联赛上海足球版图上的第一名。
2013年11月3日，中超第30轮，上海申鑫主场2-1击败天津泰达最终排名联赛第7，创造了球队历史最佳排名，并且领跑三支上海的中超球队。
