上海申鑫足球俱乐部2013赛季是上海申鑫足球俱乐部在中超的第四个赛季,也是第11次征战中国职业足球联赛,俱乐部参加了2013年中国足协杯。
2012赛季中国足球超级联赛中,上海申鑫以6胜12平12负的成绩排名联赛第15,后因大连实德并入大连阿尔滨取消资格而得以继续征战2013赛季中国足球超级联赛。
赛季开始前,上海申鑫引进了上海申花队队长于涛,亚洲外援澳大利亚的迈克尔·马罗内,曾获得巴乙金靴的巴甲射手凯撒等球员增强球队的实力。此外,出于上海海派文化对蓝色的热衷,上海申鑫2013赛季起的主场球衣改成蓝色以强调本土化,并将主场迁回市区,落户浦东源深体育中心体育场。2013赛季,上海申鑫在艰难中坚定前行,踏踏实实走完了回上海的第二个赛季,上海申鑫以联赛第七的成绩,力压同城中超兄弟申花和上港,成为2013赛季中超联赛上海足球版图上的第一名。
2013年11月3日,中超第30轮,上海申鑫主场2-1击败天津泰达最终排名联赛第7,创造了球队历史最佳排名,并且领跑三支上海的中超球队。