细菌孢子是一种孢子或类孢子的结构，由细菌所生成。其中包括内孢子，(蓝藻绿藻的丝状体的)厚壁孢子，以及放线菌和固氮菌生成的孢子。
在细菌中,孢子的形成仅仅是一种在恶劣环境中生存的办法，而非一种生殖的方式。
细菌孢子拥有以下的特色：
细菌孢子的环境耐性很强。举个例子，破伤风杆菌和炭疽杆菌有能力存活于土壤中数年的时间。细菌孢子的发现起源于19世纪，一位生物学家注意到显微镜下一个小巧，圆润，明亮的物体在细菌之中。即便细菌被沸腾加热5分钟，它仍能生存下来。沸腾加热5分钟杀了细菌却杀不死细菌孢子。当环境适宜的时候他们就会发芽。
由于细菌孢子的环境抗性很强，他们具有高度传播性。这使得如艰难梭菌这类有细菌孢子保护的病原菌形成了很大的问题。
