法云寺派是台湾佛教四大法脉之一，始于日治时代初期。派祖是觉力禅师。本山是台湾四大名山之一的苗栗大湖法云寺。
法云寺派始于台湾日治时期初期，觉力禅师以法云寺为根本道场而形成，和月眉山派、观音山派（凌云寺派）、大岗山派并称四大法脉，之后加入曹洞宗。
1933年(昭和8年)六月十三日（农历五月二十一日）觉力和尚圆寂于台中后里毘卢禅寺，世寿53。 妙果和尚于同年七月二十五日， 继任第二任住持， 妙清和尚为副住持。
1937年，妙果被昭和天皇延入内廷供养，获颁架裟、如意、具、拂尘、折扇等五品，为日治时期台湾僧侣僧侣最高荣誉，法云寺派为当时影响力的法脉之一。
1978年(民国67年)，为助清寒，救济贫病，妙然法师创办“妙然道秀慈善基金会”。1996年(民国85年)元旦（农历84年11月11日）妙然法师圆寂于法云禅寺，世寿88。 妙然法师生前与监院如玄法师商量，立遗嘱乃徒达碧法师继任住持。
1968年(民国57年)， 晓云法师应住持妙然法师之请，担任首届法云佛学院导师，可是因故18年后（1986年）才又开办第二届。
1997年(民国86年)4月18日（农历3月12日）， 举行晋山典礼，由达碧法师任第四代住持， 达芬法师任监院。
