纽约市政府依据纽约市宪章（英语：New York City Charter）建立，属于强市长-议会制政府。纽约市市长由选举产生，任期4年，负责该市行政。纽约市议会属一院制议会，议员由各选区选举产生，每个选区各自选出一名议员，共51名，一般任期为4年。法院系统包括2个市法院和3个州法院。
纽约市政府有325,000名职员 ，除了加利福尼亚州、德克萨斯州、纽约州外的州，纽约市政府职员数量多于美国的任何其他城市，该市事权统一的程度，超过大部分其他城市。负责教育、惩戒机构、图书馆、公共安全、娱乐设施、公共卫生、供水和福利服务 。
纽约市的行政区划相当特别，虽然纽约市归属纽约州管辖，然而它却拥有五个行政区。而每一个行政区都对应到纽约州行政区划下的一个虚级郡，也就是说，名义上纽约市和纽约州都直接管辖这五个行政区，然而实际上管辖这些行政区的为纽约市政府，纽约州政府仅有虚级单位管辖。而这些行政区在纽约州的行政区划下则有不同名字，如纽约市的曼哈顿区即为纽约州的纽约郡、皇后区是皇后郡、布鲁克林区是金斯郡、布朗克斯区是布朗克斯郡，而史泰登岛区是里奇蒙郡。1898年纽约市合并成如今的样子时，所有先前其范围内的市政府与郡政府都废止，以形成如今的这五个行政区以及一个集权化、统一的市政府。然而，每个郡仍保留自己的地方检察官来起诉罪案，大多数的法院由郡政府控管。
纽约市政府行政部门由市长、各局处，和各类委员会等众多部门组成，市长任命几名副市长领导行政分支中的各部门。《The City Record（英语：The City Record）》是一份在每个工作日（除法定节假日外）出版的官方期刊，内容包括各城市机构的法律声明，而各种法规编编纂在《纽约市法规汇编（英语：Rules of the City of New York）》中。
纽约市市长是城市的行政首长，也是一名地方长官，有权任免所有的非选举产生的官员，且除法律另有规定外，可以行使各项权力，并负责市政府积极且正当地运作。市长直接民选产生，任期4年，最多连任2届（最多担任市长职务三次）。
市长、公共议政员（英语：New York City Public Advocate），审计长（英语：New York City Comptroller）是唯一三个直接选举产生的纽约市政府官员。
公共议政员（英语：New York City Public Advocate）是一个由人民直选的职位，在社区关系方面产生官员，负责缓和公众与政府关系，调查对市政府机关的投诉，调解市政府机关与市民之间的争端，并就社区关系向市长提供建议。公共议政员是市议会中的一名议员，公共议政员是市长继任顺序中排第一位。
审计长（英语：New York City Comptroller）对所有城市机构进行绩效和财务审计，受托城市五项公共社保基金，共计近1600亿美元，对城市的预算财政情况进行全面监督，审查城市之间的合约以确保其公平性、合理性及财务合规性，针对城市提出的赔偿，公平、高效、有效地解决，在法定工资制定过程中确保其透明性和责任并执行现行工资和生活水平法案。审计长在申诉专员之后，在市长继任顺序中排名第二。
纽约市议会拥有纽约市的立法权，纽约州宪法赋予地方政府采用地方法律的权力。
纽约市议会是一个包括51名成员的一院制议会,选区由人口界限划分，每区大约有157, 000的人口。议员每4年选举一次，然而在被20整除的年份举行的人口普查后，选区重新划分，议员任期分为两届，每届为两年，而第二届在重新划分后的选区中进行。议长由51名议员互选产生，通常被认为是市长之下第二最具权力的职位。由简单多数制通过的法案须交给市长，由其签署正式成为法律。 如果市长否决，议会可在30天内以三分之二多数决推翻 该否决。地方法律有与纽约州议会颁布的法律一样的地位（受某些例外和限制），并高于早先的市级立法如条例、决议、法规和规章。法典化的纽约市地方法，记录在纽约市行政法典中。
隶属于议会的几个委员会，监督市政府的多项职能。每名议员至少在3个常委会、特别委员会或分会中任职。常委会一个月至少召开一次。依职权来说，议长、多数党领袖、少数党领袖是各委员会的当然委员。
纽约市法院系统包括2个市级法院、刑事法庭和民事法庭，和几个州的法院、最高法院、遗嘱法院、家事法院。与纽约州的其他地方不同，纽约市各郡没有特别设置各郡的法院。纽约市各郡中直接设有州法院。
纽约市刑事法院（英语：New York City Criminal Court）的工作是在处理微罪（英语：Misdemeanor）（通常惩罚是罚锾或关押一年以下的罪案）、较轻的罪行、进行传讯（逮捕后的首次出庭）及重罪（英语：felony）的初步听证。
纽约市民事法院的工作是在处理诉讼不超过25,000美元的索赔、不超过5,000美元的小额诉讼像是房东房客纠纷及其他州最高法院指定的案件。纽约法院的工作百分之二十五均由其完成。
还有几个法庭在郡和郡的相邻边界的州法庭。纽约州的最高法院是拥有一般管辖权（英语：general jurisdiction）的审判法庭，在纽约市中审理重罪和重大民事纠纷（（较轻的刑事和民事案件分别在纽约市的刑事法院和民事法院）。纽约州的家事法庭（英语：New York Surrogate's Court）负责处理有关家庭和小孩子的案件。纽约州的代办法庭（英语：New York Surrogate's Court）则为负责处理遗嘱、遗产的法院。
纽约市是由五个行政区所组成，五个行政区里面共有五十九个行政分区。
纽约市的五个郡每四年会举办选举，选出一位任期四年的地方检察官，负责起诉郡法庭有权审理的所有重罪和轻罪。
选举法规定政党的结构并要求各个政党成立郡级委员会（和一个州级委员会）。郡级委员会至少要由各选区（包含最多950-1,150的已注册选民）中选出两名，以及由各州议员选区中选出两名，共同组成。
五个行政区当中，各设区长一人，由选举产生。他可以提案立法、推行基础建设项目、举办有关公众事务的听证会、向市长和其他首长提出建议、为了确保公众利益而在土地利用规划和公共服务合约的绩效等方面提出建议。
五个行政区当中，各有一个管理会。他们是由行政区区长、该区选举产生的议员、各社区管理会的主席所组成。根据法律细则，行政区管理会可以举办公开或非公开的听证会，准备广泛并且有特定目的的计划，对于土地使用规划提出建议 。他同时也可以调解两个或多个社区之间的争端、提交一份全面的有关支出和预算有限及需求的声明、评估资本发展情况及机构提供服务质量及其他有关行政区需求的事项。
五十九个行政分区，各设有社区管理委员会（英语：Community boards of New York City），每个管理委员会最多会有五十名委员。行政区区长每年会任命得票数过半的人作为委员，任期是两年。其中，一半的委员在行政区区长决定下选出，另一半由代表社区（指选区占该社区的一部分）的议员(他们的任期是无限制)提名产生。另外，所有代表社区(指选区占该社区的一部分)的市议员是无选举权的，依职权来说，他们是管理会成员。社区管理会可以召开公开或不公开的听证会，并针对任何有关于该社区及其居民利益的事项展开调查，可以要求机构代表出席，准备陈述及资金，和对土地使用规划提出建议。
纽约市市徽（英语：seal of New York City）的最初设计是在1686年通过，上面刻着SIGILLVM CIVITATIS NOVI EBORACI，意思是“纽约市市徽”。 Eboracum（英语：Eboracum）是“York”的罗马名，它是约克公爵詹姆斯二世的头衔。左右两位拥护者代表着那哥塔民族（NakotaNations，即印地安人）和殖民者的团结，四个风车片会令人想起之前荷兰殖民纽约（新阿姆斯特丹）的统治历史，城市最早的贸易货物海狸和面粉桶（参见纽约市历史）。市徽上方的顶饰是美国老鹰是在美国独立战争之后才加到纹章上的。纹章底部的“1625”，是指该市的建立时间。
纽约市市旗（英语：flag of New York City）在1915年开始采用。蓝、白、橙色带代表1620至1660年此地（当时为新阿姆斯特丹）上空飘扬的荷兰旗。旗帜中间是纽约市的纹章。
市长办公室有自己的旗帜，和纽约市的旗帜是同样的设计，但是它加上一颗代表五个行政区的蓝色五角星。
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