FASTQ格式

✍ dations ◷ 2025-07-11 11:34:43 #生物信息学,文件格式

FASTQ格式是一种保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。序列与质量得分皆由单个ASCII字符表示。

该格式最初由维尔康姆基金会桑格研究所(英语:Wellcome Trust Sanger Institute)开发,旨在将FASTA格式序列及其质量数据集成在一起。而目前,FASTQ格式已经成为了保存高通量测序结果的事实标准。

FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成:

以下为一个包含单个序列的FASTQ文件示例:

@SEQ_IDGATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT+!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65

其中!为最低质量、~则为最高质量。以下字符从左到右代表从低到高的质量得分的:

 !"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~

字符与对应的ASCII码如下:


最初桑格研究所的FASTQ格式允许序列与质量信息分成多行保存。但一般不推荐采用这种方式,因为第一、第三行开头的@与+符号同样也可能出现在质量信息中,可能会造成信息提取的困难。

相关

  • 乳糖操纵子乳糖操纵子是一个在大肠杆菌及其他肠道菌科细菌内负责乳糖的运输及代谢的操纵子。它包含了三个相连的结构基因,启动子、终止子及操纵基因。乳糖操纵子受多种因素所调控,包括葡
  • 斯蒂夫·沃兹尼亚克史蒂芬·加里·沃兹尼亚克(英语:Stephen Gary Wozniak,1950年8月11日-),美国电脑工程师,曾与斯蒂夫·乔布斯合伙创立苹果电脑(今苹果公司)。沃兹尼亚克在1970年代中期创造出第一代苹
  • 伯克利 (加利福尼亚州)伯克利(英语:Berkeley)是美国加利福尼亚州阿拉梅达县内的一座城市,位于旧金山湾区东北部、奥克兰以北,市政府建制于1878年4月4日。1853年,美国人从西班牙人手中买下,做为陆地观海点
  • 温福温福(满语:ᠸᡝᠨᡶᡠ,穆麟德:wenfu,18世纪?-1773年),字履绥,费莫氏,满洲镶红旗。清朝官员,文华殿大学士温达之孙。翻译举人笔帖式出身。于乾隆年间担任福建巡抚,主要从事福建之军政事务,
  • 专利厅大韩民国专利厅(韩语:대한민국 특허청),又称韩国知识产权厅(英语:Korea Intellectual Property Office;KIPO),位于韩国大田广域市,是韩国专利及知识产权制度的管理机构。韩国专利厅的
  • 林子伟林子伟(英语:Tzu-Wei Lin,1994年2月15日-),台湾高雄市那玛夏区出身的旅美职业棒球选手,布农族人。效力于美国职棒波士顿红袜队,主要守备位置为游击手,亦可担任二垒手、三垒手等位置。
  • 艾蒂安·多雷艾蒂安·多雷(英语:Étienne Dolet,1509年-1546年),文艺复兴时期欧洲法国人文主义者。由于他喜欢古典作家的怀疑论,因而他否认灵魂不朽,索邦神学院的神学家宣判其有罪,被处以火刑。
  • 弗朗索瓦·拉瓦莱克弗朗索瓦·拉瓦莱克(François Ravaillac;1577年-1610年5月27日)是刺杀法国国王亨利四世(Henri IV.)的凶手。于1610年5月27日,在“格列夫广场”(Place de Grève,即现在的市政厅广场
  • 鱼保家鱼保家(?-686年),唐朝侍御史鱼承晔的儿子。鱼保家密助徐敬业之乱,制造刀、车和弩,徐敬业败亡之后,鱼保家幸免。武太后 ( 武则天 ) 临朝,想遍知民间之事,鱼保家上书请求铸铜匦,以接受天
  • 米切尔·朗格拉克米切尔·朗格拉克(英语:Mitchell James Langerak,1988年8月22日-)是澳大利亚的一位足球运动员,司职守门员,现时效力J联赛球队名古屋鲸鱼。