澎湖水仙宫，系由清康熙卅五年（1696年）澎湖水师协右营游击薛奎倡建，主祀水仙尊王，又祀大禹、伍子胥、屈原等五水仙以及天上圣母，在《澎湖厅志．规制》的记载中，另外二水仙系项羽和鲁班，或作王勃和李白，亦属阖澎公庙，因光绪元年（1875年）水仙宫祭祀场所与台湾、厦门郊商的会所合并，故又称台厦郊会馆。
位于马公市中央里的水仙宫历史悠久，周于仁《澎湖志略》中，将其列为四大古庙之一（天后宫、关帝庙、东甲北极殿）。乾隆四十五年（1780年）、道光元年（1821年）据《澎湖厅志》记载先有两次修建。
现今带有欧式风格的水仙宫样貌，乃奠基于日治昭和四年（1929年）的改建，当时一楼作为台厦郊会所的店面，二楼作为祭祀空间，如此二层楼式的建筑，在当时亦属罕见。
澎湖地狭、耕地常常不足，经济仰赖商业交易，故商业发展渊源颇早，澎湖设有“郊”，即“台厦郊”，又称“澎郊”，由“厦郊”金长顺、“台郊”金利顺组成。贸易范围大陆方面以厦门为主，随后渐渐扩展至福建省的同安、泉州和漳州，广东省的南澳；台湾方面则交易对象以台湾县（台南）为主，旁及打狗（高雄）、东港（屏东）、鹿港（彰化）及北港（云林）等。澎湖行郊主要进口：糖、布帛、杉木、砖瓦、油酒、香烛、干果、纸笔；出口则为咸鱼、鱼干、虾干、花生、花生油等。
由于商业十分兴盛之故，康熙四十九年（1710年）陈文达《台湾县志》便有“澎湖妈宫街”的纪载。在乾隆二十六年（1771年）胡建伟编著《澎湖纪略》的时代，已形成“七街一市”的规模。
光绪年间的修建由妈宫街商民筹资兴建，当时因应澎湖与厦门（同安）、泉州等地区贸易热络，澎湖各地的同业公会组成郊行，出资者众，遂乃将水仙宫宫庙和台厦郊的办公、仲裁会所一同合并，台厦郊会馆至此与水仙宫之名并陈。
日治时代起由于澎湖和厦门对航贸易大量减缩，清代鼎盛煊赫一时的各地郊商渐趋没落、商业功能走入历史舞台，台厦郊也未能幸免，而澎湖水仙宫作为台湾郊商变迁见证的载体，迄今祭祀功能尚有保存下来。
本表根据许玉河与台湾文化部文化资产局的资料编列：
水仙宫二楼并不开放，一楼则作为神明大厅，仍时见民众入庙烧香祈福，而每年农历十月初十，该庙亦会举办水仙尊王圣诞绕境活动，或偶与左近景福祠合办祭典。
水仙尊王，本庙五水仙：大禹、伍子胥、屈原、王勃和李白（或项羽和鲁班）
一楼大殿
五水仙神像
道光五年水陆鸿昭匾
平安符
根据民间五行学说，水仙尊王乃海神之一，八字中缺水者，适宜向水仙尊王祈求用神，补命中水之不足。
坐标：23°33′49″N 119°33′51″E / 23.563645°N 119.564103°E / 23.563645; 119.564103
