拜仁慕尼黑足球俱乐部于2012年至2013年（英语：2012–13 in German football）赛季（英语：List of FC Bayern Munich seasons）是该足球俱乐部所参与的第144个足球赛季，同时也是球队自1965年从南部地区联赛升至德国足球甲级联赛所连续参与的第48次顶级赛季。这次赛季由尤普·海因克斯担任拜仁慕尼黑足球俱乐部主教练，并在赛季开始前陆续签下了汤姆·施塔克、米切尔·魏泽尔、谢尔丹·沙基里、丹特、克劳迪奥·皮萨罗和马里奥·曼祖基奇等人，而当德国足球甲级联赛开赛一个礼拜后又在转会窗截至之前与哈维·马丁内斯签约，以补足原本以巴斯蒂安·施魏因斯泰格为主的中场战力。除了新签下的球员以及原本就加盟球队的弗兰克·里贝里、阿扬·罗本和马里欧·戈麦斯、菲利普·拉姆、曼努埃尔·诺伊尔、热罗姆·博阿滕与托尼·克罗斯等著名明星球员，使得拜仁慕尼黑足球俱乐部成为在欧洲足球球队中有着丰厚储备能量的球队。在赛季开始后不久拜仁慕尼黑足球俱乐部便取下9连胜，而在赛季结束后分别夺下德国足球甲级联赛、欧洲冠军联赛与德国足协杯冠军而成为三冠王球队。这使得拜仁慕尼黑足球俱乐部成为德国第一支三冠王足球球队外，同时也是在过去5个赛季中继巴塞罗那与国际米兰取得此项荣誉的球队。
杰尔丹·沙奇里、克劳迪奥·皮萨罗、汤姆·施塔克、丹特、马里奥·曼祖基奇、米切尔·魏泽尔、卢卡斯·雷德尔以及哈维·马丁内斯在夏季转会至拜仁慕尼黑。其中哈维·马丁内斯的转会费价值4000万欧元，创造了德甲历史上的最高转会费。离开拜仁的则有宇佐美贵史、布雷诺、鲁文·扎特尔迈尔、伊维卡·奥利奇和达尼耶尔·普拉尼奇，此外有汉斯-约尔格·布特退役，以及尼尔斯·彼得森被租借至云达不来梅。布特在7月1日被任命为拜仁慕尼黑青年队的负责人，但他却在8月7日离开这一岗位。沃尔夫冈·德雷姆勒在8月9日成为新的继任者。7月2日，俱乐部宣布马蒂亚斯·萨默尔取代克里斯蒂安·内林格尔（英语：Christian Nerlinger）担当体育总监，尤普·海因克斯相信2012-13赛季的阵容比前一个赛季的阵容更为强大。
拜仁在7月3日开始季前训练。主席卡尔-海因茨·鲁梅尼格表示，本赛季的首要任务是夺取德甲冠军。在季前友谊赛中，拜仁曾相继战胜翁特哈兴、伊斯马宁（英语：FC Ismaning）、特伦蒂诺XI和凯泽斯劳滕，也曾不敌那不勒斯。拜仁还参加了季前的一些锦标赛，并分别夺得英利杯、奥迪俱乐部杯和南部柏龙杯冠军，但在德国电信杯（英语：Telekom Cup）仅以第三名完赛。
季前赛一直持续至八月。拜仁以对阵凯泽斯劳滕的一场热身赛胜利开启了该月份的征程。然后在德国电信杯半决赛中，拜仁于8月4日通过点球大战不敌云达不来梅，并于8月5日在季军争夺战中击败汉堡。拜仁在本赛季的首场正式比赛是8月12日对阵多特蒙德的德国超级杯。凭借马里奥·曼祖基奇和托马斯·穆勒的进球，拜仁以2比1获胜。多特蒙德则由罗伯特·莱万多夫斯基射入一球。德国超级杯就此成为拜仁在新赛季夺得的首项锦标。在随后的友谊赛中，拜仁于8月15日以3比1击败塞利根波滕（英语：SV Seligenporten），然后迎来德国足协杯（英语：2012–13 DFB-Pokal）的首轮赛事，于8月20日对阵雅恩雷根斯堡。拜仁以4比0顺利晋级，其中曼朱基齐射入两球，沙奇里和皮萨罗则各有一球入账。8月25日，德甲揭幕，拜仁在首轮比赛中以3比0战胜菲尔特。他们的进球来自于穆勒和曼祖基奇，对手托马斯·克莱恩的乌龙球则将比分定格在3比0。拜仁在第一轮比赛过后便占据了积分榜首位。8月29日，卡尔·霍普夫纳作为拜仁股份公司的监事会副主席，宣布因健康原因将在2012年12月31日离开俱乐部。霍普夫纳是在1982年10月见到俱乐部刊登于《南德意志报》的招聘广告后开始申请俱乐部的总经理职位。他于1983年1月入职，并在同年7月成为常务董事。欧洲冠军联赛的小组赛阶段抽签在8月30日举行，拜仁被抽中与巴伦西亚、里尔和鲍里索夫同组。
9月2日对阵斯图加特的德甲是九月的首场比赛，拜仁以6比1大胜。进球分别来自穆勒、托尼·克罗斯、路易斯·古斯塔沃、曼朱基齐和巴斯蒂安·施魏因斯泰格。其中穆勒梅开二度，马丁·哈尼克则射入斯图加特的唯一进球。拜仁以两连胜继续排名积分榜首。面对美因茨05的比赛在9月15日进行，拜仁以3比1获胜。曼祖基奇、施魏因斯泰格和克罗斯为拜仁进球，美因茨05的进球则来自亚当·扎莱。拜仁接着于9月19日在欧洲冠军联赛面对巴伦西亚，并以2比1取胜。进球队员为施魏因斯泰格和克罗斯。拜仁在9月22日对阵沙尔克04，凭借克罗斯和穆勒的进球，他们以2比0获胜。三日后，拜仁又依靠施魏因斯泰格的进球和曼祖基奇的梅开二度，以3比0击败沃尔夫斯堡。九月的最后一场比赛是在29日对阵云达不来梅，拜仁以2比0胜出，进球者为古斯塔沃及曼祖基奇。
拜仁于10月2日在欧洲冠军联赛面对鲍里索夫，却遭遇了近9场比赛中的首场失利。
拜仁于10月6日对阵霍芬海姆。
拜仁于10月20日对阵杜塞尔多夫。
拜仁于10月23日对阵里尔。
拜仁于10月28日对阵勒沃库森。
拜仁于10月31日对阵凯泽斯劳滕。
拜仁于11月3日对阵汉堡。
拜仁于11月7日对阵里尔。
拜仁于11月10日对阵法兰克福。
拜仁于11月17日对阵纽伦堡。
拜仁于11月20日对阵巴伦西亚。
拜仁于11月24日对阵汉诺威96。
拜仁于11月28日对阵弗赖堡。
拜仁于12月1日对阵多特蒙德。
拜仁于12月5日对阵鲍里索夫。
拜仁于12月8日对阵奥格斯堡。
拜仁于12月14日对阵门兴格拉德巴赫。
拜仁于12月18日对阵奥格斯堡。
欧洲冠军联赛的八分之一决赛抽签在12月20日举行。 结果拜仁抽中面对英超俱乐部阿森纳。
拜仁于1月3日前往卡塔尔开启冬季拉练。 在冬歇期期间，拜仁先后战胜了莱赫维亚、沙尔克04、巴塞尔和翁特哈兴。1月16日，佩普·瓜迪奥拉被宣布为拜仁慕尼黑的新任主教练。他将在6月26日，即2013-14赛季（英语：2013–14 FC Bayern Munich season）开启季前训练前接替尤普·海因克斯的职位。1月19日，拜仁以2比0战胜菲尔特开始了下半赛季的征程。进球者为梅开二度的曼祖基奇。 翌日，拜仁又在一场友谊赛中击败亚琛。一月份的比赛以27日对阵斯图加特的德甲而告终。拜仁凭借曼祖基奇和穆勒的进球以2比0获胜。
二月的比赛始于2日对阵美因茨05的联赛。拜仁以3比0获胜，进球者为曼祖基奇和梅开二度的穆勒。拜仁接着于2月9日面对沙尔克04。凭借着大卫·阿拉巴的梅开二度，以及施魏因斯泰格和马里奥·戈麦斯的进球，拜仁取得4比0的大胜。然后拜仁在2月15日以2比0战胜沃尔夫斯堡。进球者为曼祖基奇和阿尔扬·罗本。2月19日，拜仁在欧洲冠军联赛十六强的首回合比赛中对阵阿森纳。凭借着克罗斯、穆勒和曼祖基奇的进球，拜仁以3比1获胜。为阿森纳取得进球的则是卢卡斯·波多尔斯基。回到联赛后，拜仁于2月23日以6比1大胜云达不来梅。进球队员分别来自罗本、哈维·马丁内斯、戈麦斯和弗兰克·里贝里，其中戈麦斯独中两元，对方的西奥多·格布雷·塞拉西也送出一记乌龙球。凯文·德布劳内则为不来梅射入挽回颜面的一球。二月的收官之战是2月27日对阵多特蒙德的德国足协杯四分之一决赛。拜仁凭借罗本的进球以1比0获胜并晋级。
三月的首场比赛是3日对阵霍芬海姆的德甲。得益于戈麦斯射入的全场唯一进球，拜仁以1比0小胜，并就此创造了连续583分钟不失球的联赛新纪录 3月9日，拜仁面对杜塞尔多夫，并以3比2获胜。穆勒、里贝里和热罗姆·博阿滕分别为拜仁建功。杜塞尔多夫的进球则来自马蒂斯·波利（英语：Mathis Bolly）和安德烈亚斯·兰贝茨（英语：Andreas Lambertz）。在3月13日对阵阿森纳的欧冠十六强次回合比赛中，对手依靠奥利韦尔·吉鲁和劳伦·科斯切尔尼的进球以2比0获胜。但拜仁仍然依靠客场进球制优势晋级。欧冠的四分之一决赛抽签在3月15日举行，拜仁抽中的对手为尤文图斯。在3月16日面对勒沃库森的联赛中，拜仁以2比1获胜。双方的进球队员分别为戈麦斯和西蒙·罗尔费斯，而对方的菲利普·沃尔沙伊德则为拜仁献上一记乌龙球。三月的最后一场比赛是30日对阵汉堡的联赛，拜仁以9比2狂胜对手。沙奇里、施魏因斯泰格、皮萨罗、罗本和里贝里分别为拜仁建功，其中皮萨罗独中四元和罗本梅开二度。汉堡的进球则来自杰弗里·布鲁马和海科·韦斯特曼。
4日对阵尤文图斯的欧冠四分之一决赛首回合开启了拜仁的四月征程。凭借阿拉巴和穆勒的进球，拜仁以2比0轻取对手。其中阿拉巴的进球是在开场尚不足1分钟内完成。在比赛中，克罗斯的外展肌撕裂，并在第16分钟被罗本换下。拜仁接着在4月6日的第28轮联赛面对法兰克福，他们以1比0获胜。这场胜利也意味着拜仁以创纪录的最短时间夺得德甲冠军。古斯塔沃领到了个人的第五张黄牌，使得他在第29轮对阵纽伦堡的比赛中停赛。对阵尤文图斯的次回合比赛在4月10日举行。曼祖基奇和皮萨罗的进球使得拜仁以相同的比分再次战胜对手。随着拜仁晋级，历史上首次有两支德国俱乐部出现在欧冠半决赛。曼祖基奇在比赛早段领到的一张争议黄牌使他必须缺席半决赛首回合。欧冠半决赛的抽签在4月12日举行，拜仁抽中的对手为巴塞罗那。拜仁在4月13日面对纽伦堡。比赛中，埃姆雷·詹首发完成了他的德甲首秀。沙奇里则在第71分钟被皮埃尔·霍伊别尔替换上场，后者也顺利完成德甲首秀。同时，霍伊别尔还以17岁251天的年龄，打破了阿拉巴17岁255天的记录，成为拜仁历史上最年轻的德甲出场球员。凭借博阿滕、戈麦斯、拉菲尼亚和沙奇里的进球，拜仁以4比0获胜。德国足协杯方面，拜仁在4月16日举行的半决赛以6比1轻取沃尔夫斯堡。曼祖基奇、罗本、沙奇里和戈麦斯分别为拜仁建功，其中戈麦斯在9分钟内完成帽子戏法。迭戈则射入沃尔夫斯堡的唯一进球。4月20日，拜仁在对阵汉诺威96的联赛中再以6比1大胜。拜仁的进球来自里贝里、戈麦斯和皮萨罗，其中戈麦斯和皮萨罗均有两球入账。凭借这场胜利，拜仁追平了多特蒙德所创造的单季积81分的纪录，并打破了单赛季26场胜利的最高胜场纪录。4月23日，拜仁宣布成功签入马里奥·格策。他们激活了这名球员价值3700万欧元的最低解约金条款，迫使多特蒙德必须放人。对阵巴塞罗那的欧冠半决赛首回合于4月23日举行，凭借戈麦斯、罗本的进球和穆勒的独中两元，拜仁以4比0取胜。媒体批评当值主裁判、匈牙利人维克托·考绍伊对赫拉德·皮克在第15分钟、阿莱克西斯·桑切斯在第32分钟的禁区内犯规未予判罚，并允许戈麦斯的越位进球生效。四月的最后一场比赛是27日对阵弗赖堡的联赛，拜仁依靠沙奇里的进球以1比0小胜。伴随着这场胜利，拜仁以积84分刷新了德甲的单季最高积分记录。
五月的首场比赛是1日对阵巴塞罗那的欧冠半决赛次回合。对方球员塞尔希奥·布斯克茨、哈维尔·马斯切拉诺、卡莱斯·普约尔和埃里克·阿比达尔均因伤缺阵，头牌利昂内尔·梅西也未参加比赛。曼朱基齐从停赛中恢复并取代了戈麦斯的位置，老将丹尼尔·范比滕则顶替了身患感冒的丹特。得益于罗本和穆勒的进球，以及皮克的乌龙球，拜仁以3比0取胜。拉姆、施魏因斯泰格、哈维·马丁内斯、古斯塔沃、丹特和戈麦斯均仅身背一面黄牌，得以参加2013年欧洲冠军联赛决赛。拜仁接着在5月4日于德甲面对多特蒙德，比赛以1比1平局收场。凯文·格罗斯克罗伊茨和戈麦斯分别为各自球队建功。拉菲尼亚则领到第二黄牌被罚下场。他最终无缘参加余下的两场德甲比赛。
5月6日，在拜仁慕尼黑股份公司的监事会定期会议中，拜仁协会主席兼拜仁股份公司董事长乌利·赫内斯提出临时辞职。监事会决定拒绝赫内斯的辞呈。拜仁慕尼黑宣布与监事会成员卡尔-海因茨·鲁梅尼格和安德烈亚斯·容格续签合同，其中鲁梅尼格获得一份期至2016年12月30日的三年合同，而容格则获得一份期至2016年6月30日的两年合同。此外，拜仁还宣布约尔格·瓦克尔将在2013年7月1日加入监事会。拜仁于5月11日对阵奥格斯堡。凭借穆勒、沙奇里和古斯塔沃的进球，他们以3比0获胜。拜仁在本赛季德甲的最后一场比赛是5月18日对阵门兴格拉德巴赫。拜仁以4比3获胜。为拜仁建功的分别是马丁内斯、罗本和梅开二度的里贝里。马丁·施特兰茨尔、迈克·汉克和霍瓦尔·努尔特韦特则代表门兴格拉德巴赫进球。对阵多特蒙德的欧冠决赛在5月25日举行，拜仁以2比1获胜，他们由曼祖基奇率先进球，尽管多特蒙德的伊尔卡伊·京多安迅速扳平比分，但罗本在终场前的绝杀还是确保拜仁获得冠军。赛后，拜仁在伦敦的格罗夫纳屋（英语：Grosvenor House）酒店举行了一个盛大派对。派对包括一个1800人的自助餐和延长营业至凌晨5点的酒吧。品牌金融（英语：Brand Finance）评估拜仁此时的价值达到8.6亿美元，超过曼联成为榜首。随后，对阵斯图加特的德国足协杯决赛在6月1日举行，拜仁凭借穆勒的进球和戈麦斯的梅开二度以3比2获胜。马丁·哈尼克也代表斯图加特独中两元。
巴西足协坚持要求丹特及古斯塔沃在当地时间6月1日16:00前赶赴巴西国家队的训练营报到。训练营是为备战2013年联合会杯。然而拜仁对阵斯图加特的德国足协杯决赛恰好于6月1日举行。巴西足协扬言将开除两位球员，倘若他们没有在规定的时间内报到。根据国际足联的章程，俱乐部必须让球员在赛事开赛前14天赶赴国家队报到。拜仁发出“礼节性”的信函请求让球员参加决赛，但这遭到了巴西足协“礼节性”的拒绝。拜仁试图与巴西足协达成“友好的解决方案”却以失败告终。拜仁CEO鲁梅尼格对国际足联、巴西足协和德国足协发表指责。德国足协则对巴西足协发表指责。路易斯·菲利佩·斯科拉里表示拜仁也存在过错，因为巴西足协声称已提前5日、10日和15日去信要求放人，并宣称它们在提前15日的通知中是如何“原本愿意谈判”。皇家西班牙足协则没有对哈维·马丁内斯强制执行有关规则，使得这名球员得以顺利参加德国足协杯决赛。
拜仁在本赛季打破或追平了30项联赛纪录。
2013–14年欧洲冠军联赛分组赛
2013–14年欧洲冠军联赛附加赛
资料来源：
排名规例：
1).积分；2).净胜差；3).进球。
（冠） = 冠军； （降） = 降级； （升） = 升级； (附) = 附加赛胜者； (晋) = 进入下一轮。
只在赛季仍进行中使用：
(参) = 获得指定竞赛参赛权； (TQ) = 获得竞赛参赛权，未知指定轮次； (DQ) = 取消竞赛参赛权。
最后更新：2013-05-18
来源：
最后更新：2013年5月18日
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1拜仁慕尼黑的进球列前
当拜仁慕尼黑的对手来自不同国家时，将显示场地所属国旗及对手所属国旗.
排名 = 联赛排名, 积分 = 联赛积分, 净胜球 = 净胜差, 场地：主 = 主场, 客 = 客场, 中 = 中立, HR = 主场替换, AR = 客场替换.
截至2012年12月5日 (2012-12-05)
来源：UEFA.com （页面存档备份，存于互联网档案馆）
截至2012年12月5日 (2012-12-05)
来源：UEFA.com （页面存档备份，存于互联网档案馆）
最后更新：2012年12月5日
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