八分之一决赛的抽签仪式跟小组赛的抽签仪式一并于2009年1月7日上演，西亚球队率先于5月26日及5月27日举行比赛，而东亚球队的比赛则于6月24日进行。
希拉尔 
v 
乌姆沙拉尔
柏斯波利斯 
v 
宾约哥
伊蒂哈德 v 艾沙比
伊蒂法克 v 塔什干棉农
名古屋鲸鱼 
v 
水原三星蓝翼
大阪飞脚 v 川崎前锋
鹿岛鹿角 v FC首尔
浦项制铁 v 
纽卡素喷射机
四分之一决赛的抽签仪式于2009年6月29日于马来西亚吉隆坡亚洲足球联合总会总部举行。
首回合
乌姆沙拉尔 v FC首尔
川崎前锋 v 名古屋鲸鱼
宾约哥 v 浦项制铁
塔什干棉农 v 伊蒂哈德
次回合
FC首尔 v 乌姆沙拉尔
名古屋鲸鱼 v 川崎前锋
伊蒂哈德 v 塔什干棉农
浦项制铁 v 宾约哥
首回合
伊蒂哈德 v 名古屋鲸鱼
浦项制铁 v 乌姆沙拉尔
次回合
名古屋鲸鱼 v 伊蒂哈德
乌姆沙拉尔 v 浦项制铁
伊蒂哈德 v 浦项制铁
† 进行四场赛事后退出
