加利西亚旗帜首次出现是在19世纪，设计可能是依据自中世纪时期加利西亚王国的国旗。本来加利西亚旗帜为白底加上蓝色圣安德鲁十字，但由于和俄罗斯海军混淆，后改为白底加上斜的蓝色条纹。中央则是象征加利西亚的盾徽标志。
加利西亚旗帜分为民用旗和政府旗两种。普通市民可以使用民用旗；加利西亚第5/1984号法规定，政府公共建筑物只能悬挂加带官方盾徽的政府旗。
在十九世纪，大量西班牙加利西亚地区移民涌入美洲，其中最重要的一个移民输出港口是拉科鲁尼亚。在那时，船只上的旗帜均为海事省的海军旗，而拉科鲁尼亚海事省的旗帜为白底加蓝色圣安德鲁十字，与俄罗斯帝国海军的军舰旗极为相似。为避免出现不必要的混淆，西班牙政府答应俄罗斯帝国的请求，于1891年6月22日通过修正法案，旗帜成为了现在的样式。
加利西亚移民在到达目的地后均使用该旗表明自己身份，最终使拉科鲁尼亚海事省旗帜成为了整个加利西亚地区的旗帜，也成为了加利西亚的象征。然而另有一种说法认为旗帜的缔造者是加利西亚语复兴（英语：Rexurdimento）时期的民族主义者。1891年5月25日至27日，在人们转移加利西亚浪漫主义女诗人罗萨莉娅·德·卡斯特罗的遗体时就出现了这种旗帜，这比新海事旗帜要早一个月。
1923年至1930年米格尔·普里莫·德里维拉独裁统治期间，加利西亚旗帜在法律上被禁止使用。之后的西班牙第二共和国期间曾短暂恢复使用。从西班牙内战开始的1936年开始事实上被禁止，直到1960年恢复使用。但直到弗朗西斯科·佛朗哥独裁结束，民主转型确定成立自治区后，该旗帜才被写入官方文件。
加利西亚王国旗帜
加利西亚王国旗帜，由阿尔布雷希特·丢勒于1515年制作
加利西亚王国旗帜雕刻版，1701年
18世纪加利西亚军舰旗
加利西亚民族主义左翼党派旗帜
环保主义示威者旗帜
