加拿大印第安人寄宿学校系统 是一群专为加拿大境内原住民（Indigenous people，包括第一民族、梅蒂人、因纽特人）所设立的寄宿学校。该系统由加拿大政府的印地安及北方事务部资助并与基督教教堂合作管理。在1894年至1948年间，所有的加拿大印第安人儿童都被法律强制要求就读寄宿学校。
加拿大印地安人寄宿学校系统的创建目的与理念，表面上是帮助原住民儿童融入加拿大社会，并成为具有教育背景与投票权的公民。然而，对当时普遍充斥种族主义、文化清洗心态的政府，以及管理阶层的基督教教会而言，其目的着重于消除原住民文化与信仰对儿童的影响，并以同化政策迫使儿童与父母分离，融入主流的加拿大文化。在该系统施行的一百多年中，约有三成的原住民儿童（约150,000人）曾经被“安置”于寄宿学校中。:2–3而至少6000名学童在就学期间死亡。2021年当地酋长陆续发现了数个百人坑。
该系统在加拿大联邦化（脱离英国殖民）前即确立，但主要经由联邦成立后于1876年建立的《印第安人法》（英语：Indian Act）获得法律效力。该法在1884年的修订中规定第一民族儿童须强制就学于日间学校，职业学校、或寄宿学校三者之一。但由于前两者几乎位于都市地带，对于居处偏远的原住民族而言只有寄宿学校是可行的选择。原住民寄宿学校通常故意设于距离部落遥远的区域，以降低学童与原生家庭的互动可能性。印地安事务所专员曾表达，将学校远离部落可减少家庭探勘儿童的机会，避免他们影响学童的“文明化”过程。在此同时，加拿大原住民的行动亦受通行证系统束缚，以该系统局限原住民于印地安人保留区中。
初期的同化策略在法国殖民者于17世纪抵达北美新法兰西殖民地开始。当时的原住民对于殖民者与其同化策略抱持反对，不愿意交出自己的孩子，并视传教士为传染疾病的散布者。因为原住民的反弹，以及初期殖民政府的动荡情形，Recollets、Jesuits和Ursulines等传道会建立的印地安日间学校与寄宿学校多在1690年间停用。其他原因包括，当时法籍殖民者亦必须将教会资源分配给失去（法籍）父母的孤儿或弃儿，并同时希望与原住民维持良好的毛皮与武器贸易关系。:3:58–60
在17世纪的传教同化策略失败后，类似的教育方案直到1820年间才再度启用，并受官方批准。这个时期最早建立的寄宿学校包括由英国国教派传教士在红河（Red River Colony，今曼尼托巴省）:50，以及新教传教士在今日安大略省区域所建立的学校。这些学校被用来传授基督宗教与工作文化，鼓励原住民学童采纳自给自足的农业生产活动，以确保、劝导他们毕业后不再回归原来游牧生活。
虽然许多早期建立的学校营运时间不长，同化政策仍然持续。其中营运历史最悠久的莫霍克印地安人寄宿学校（Mohawk Institute Residential School）于1834年启用，建立于大河六国（Six Nations of the Grand River）原住民保留区（近安大略布兰特福德城），由英国国教会管理。该校创校初期只招收男童并为日间（非寄宿）学校，在四年后才改为印地安人寄宿学校并招收女学生，至1970年6月才正式关闭。
19世纪初期寄宿学校的兴起，可归咎于该时期（尤其于1812年战争后）英国殖民者在军事上所受的威胁降低。当加拿大的殖民政府不再遭受美国入侵的威胁影响，原住民部落的立场从抗战盟友，转为阻挠殖民政府势力的绊脚石。:3:73–75殖民政府更替换原住民事务处理官员，从知悉当地风俗文化的军官，换成公务员代表。在19世纪末期，加拿大政府的印第安事务部门（Department of Indian Affairs）正式鼓励寄宿学校系统的扩张，以作为整合原住民族融入欧洲移民种族的同化政策。
许多公营印地安人寄宿学校是由各种教派管理，其中大多数为罗马天主教。在1867年至1939年的官方纪录中，寄宿学校的数目在1931年到达高峰，总共80间。其中有44间隶属于罗马天主教会，21间属于英格兰教会／加拿大英国国教会，另有13间属于加拿大联合基督教会以及2间长老会的寄宿学校。:682这些学校多利用已存在的教会校舍，由政府出资设施和维修经费，并由教会提供师资与课程规划。 因此，各教派的寄宿学校数量比例并不反映各派信仰在加拿大的普遍程度，而是反映各派传教机构的盛行率。:683
加拿大政府于1997年关闭了位于努纳武特地区的最后一所由联邦政府运营的原住民寄宿学校。
对于加拿大原住民的同化政策早在帝国殖民主义时期扎根。这个强制的校系统从1828年第一所寄宿学校建成至1997年最后一所寄宿学校关闭，时间长达169年。殖民主义的表态包括殖民者透过欧洲世界观、文化角度、以及用发现学说的角度占领原住民土地。据加拿大真相与和解委员会（TRC）的报告解释：“这些以欧洲文化与殖民者角度出发的论点背后，是殖民者视自己为文明代表，认为殖民能为蛮夷带来文明”。意即，“文明的使命”是建构于殖民者的种族和文化优越感。”。印第安寄宿学印地安人寄宿学校对于原住民学童造成的创伤包括强制分离原生家庭，扼杀族语及先人文化，以及各种肢体攻击和性虐待，并强制剥夺其原住民身份（以提供公民权的美名）。:50该政策倡导强制分离原住民幼童与家庭部落，在百年后由真相与和解委员会（TRC）归类为文化种族灭绝的行径，历史学家约翰·S·米罗伊（John S. Milloy）也表达该系统的目的等同于“抹杀孩子人格中的印地安文化认同”。:42印地安寄宿学校系统强调沉浸式的文化学习，多数学校禁止或严惩学童讲母语或进行任何原住民信仰崇拜，以达成“教化”。学童被迫断绝自己与家庭和文化的连结，并被强制说英语或法语。从寄宿学校毕业的原住民学生往往陷入既无法成功融入加拿大社会也无法回归部落文化的处境。最终，此寄宿学校系统不可逆的破坏了原住民族文化和信仰的传承。此后果被视为与近代原住民族日见频繁的创伤后压力心理障碍、酗酒、药物滥用和高自杀率具有直接关系。
2008年6月11日，加拿大前总理斯蒂芬·哈珀公开为加拿大政府及下议院中的各联邦领导人在过去对原住民族的种种迫害表达道歉。在总理发言的九天前，原住民成立真相与和解委员会（Truth and Reconciliation Commission），渴望政府正视并揭露关于寄宿学校的历史与真相。该委员会经由公开与私人会议搜集全国各地寄宿学校幸存者的宣言并在2008至2013年期间举行七场全国性活动以纪念并倡导关于寄宿学校的历史。TRC在2015年正式建立国家真相与和解中心（英语：National Centre for Truth and Reconciliation），并出版多份报告，详细纪录幸存者的叙述与相关历史文件。真相与和解委员会的报告认定原住民寄宿学校系统应被归为一项种族文化灭绝的恶行。2018年，加拿大总理贾斯汀·特鲁多在纽芬兰对当地的原住民进行道歉，由于1949年以前纽芬兰不属于加拿大，所以前几届加拿大政府拒绝对纽芬兰的原住民寄宿学校发生的惨剧道歉。
虽然从过去就一直有传言，但进入2021年，各土著部落积极着手进行对非正常死亡可能埋葬地的勘察工作，以使之前不被广泛承认的寄宿学校大规模非正常死亡得到社会认可。目前，已有两个不同土著部落的酋长独立宣布在其各自主权所及的保留地内的寄宿学校遗址勘察到先前未知的大型埋葬地，其中科韦塞斯第一民族玛丽瓦尔印第安寄宿学校直到1997年才被关闭。
2021年5月27日，德甘柳斯苏斯瓦地（英语：Tk’emlúps te Secwépemc）酋长卡西米尔（Rosanne Casimir）宣布，他们在德甘柳斯苏斯瓦地（位于不列颠哥伦比亚省坎卢普斯市附近）的坎卢普斯印第安寄宿学校挖掘出百人坑，底下埋了215具孩童的遗骨，此次原住民寄宿学校旧址的215具儿童遗骸为过去纪录所没有的。
2021年6月，在萨斯喀彻温省科韦塞斯73号保留地（英语：Cowessess 73）玛丽瓦尔，科韦塞斯第一民族表示在印第安寄宿学校旧址内发现大型无名坟场，内有751个无名坟墓，每个坟墓可能有不止一具遗骸。
2021年6月30日，在大不列颠哥伦比亚省克兰布鲁克市附近的圣尤金传教学校发现了有182具遗骸的无标记坟墓。据当地原住民团体“下惠特尼”（Lower Kootenay Band（英语：Lower Kootenay Band））新闻通报：“相信这182位死者的遗骸都来自克图纳萨部落。”
