药师灌顶真言，俗称药师咒，是药师佛的根本真言（陀罗尼），是佛教界普遍诵念的知名咒语。
药师咒出自于《药师琉璃光七佛本愿功德经》（大唐三藏法师义净于佛光内寺译本）：
“复次，曼殊室利！彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力观诸有情遇众病苦，瘦疟、干消、黄热等病，或被厌魅、蛊道所中，或复短命，或时横死，欲令是等病苦消除，所求愿满。时彼世尊入三摩地，名曰灭除一切众生苦恼，既入定已，于肉髻中出大光明，光中演说大陀罗尼咒曰：‘南谟薄伽伐帝 鞞杀社寠噜 薜琉璃钵喇婆 曷啰阇也 呾他揭多也 阿啰�帝 三藐三勃陀也呾侄他唵 鞞杀逝鞞杀逝 鞞杀社三没揭帝 莎诃’”
藏传佛教中也有对应的藏文译本。
咒文有全咒及心咒两个版本。在日本流传的有大咒、中咒、小咒三个版本：当中的大咒即详版，中咒即简版。而小咒的咒文是：
唵 呼嚧呼嚧 战驮利 摩撜祇 莎诃（オン コロコロ センダリ マトウギ ソワカ）
日本学者佐藤任认为在其他地方的传承均没有“小咒”，其实可能是在日本把《无能胜明王真言》错当成为药师真言的“小咒”。然而佐藤任的观点却是因为未能阅读足够的文献而有所疏漏的。在唐代阿地瞿多翻译的《陀罗尼集经》卷二⟨药师琉璃光佛印咒第二十五⟩便收有此小咒。而唐代金刚智翻译的《药师如来观行仪轨法》同样也记载了这个小咒。
药师灌顶真言（全咒）：
怛侄他。唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑婆诃。
tadyathā, oṃ bhaiṣajye bhaiṣajye bhaiṣajya samudgate svāhā
即说咒曰：嗡 药在 药在 药 发生效力 圆满成就
藏文版本的简版“药师心咒”自“tadyathā”开始至“svāhā”结束，但音与梵文有别，汉译作“喋雅他 嗡 贝勘则 贝勘则 玛哈贝勘则 喇杂萨目 嘎喋 梭哈”。其中的“玛哈贝勘则，喇杂，萨目嘎喋”即将“bhaiṣajya-samudgate”换作“mahābhaiṣajye-raja-samudgate”，汉文读作“摩诃鞞杀逝，啰阇，三没揭帝”，义为“大医药王升起”。
