工藤昌祐（1520年－1582年）是日本战国时代武将。甲斐武田氏的家臣。武田四名臣之一的内藤昌丰（昌秀）的实兄。别名工藤长门守。
武田信虎的重臣工藤虎丰的长男。父亲虎丰因为触怒信虎而被诛杀后，因为恐怕被株连而与弟弟一同出奔并流浪。在信虎被武田晴信（武田信玄）追放后，与弟弟一同被召还甲斐并以家臣身份再仕于武田家。
虽然没有与弟弟昌丰一样被重用，但是在天正2年（1574年）8月作为弟弟的代理而担任上野箕轮城城番。弟弟在长篠之战中战死后仍然生存，在天正9年（1581年）与弟弟的后继者内藤昌月连署的龙朱印状被确认。天正10年（1582年），武田氏在甲州征伐中灭亡后仕于德川家康，作为德川四奉行立下统治甲斐的功绩。
