巴赛语音系（英语：Basay phonology）为巴赛语之音系。而其音系之音位大都使用适当的Unicode符号来标示。在台湾南岛语的书写系统的订定上，元辅音之音系表原则上都是先“发音部位”(横列)、后“发音方法”(纵列)、再考量“清浊音”，来订定其音系之音位架构。
自1990年代之后李壬癸院士的研究提出该语与噶玛兰语(Kbalan)似乎较为雷同。与噶玛兰语在词汇，音韵，构词，句法，语音等方面不但对应也极相近。
除大台北地区，基隆市，新北市金山区、万里区、瑞芳区、贡寮区等外，宜兰县"社头"(trobiawan,哆啰美远)族群亦归属为巴赛语群。 而宜兰县"里脑"(linaw)族群用语亦归为巴赛语相近之语系。
使用17个拉丁字母，一个二合字母/ng/，全部18字母。字母分为元音及辅音二大部分。元音4个（i、u、e/ə/oe、a），辅音14个（p、b→{v}、t、c、k→{q}、m、n、ng、s、z、l、r、w、y）、另加上2个辅音语音转换字母（{v}、{q}）。因/ng/没有用在单词的开头故无大写。声门塞音/ʔ/，或用撇号/'/符号、或则省略。 其余字母(d,f,g,h,j,o,q,v,x)用在增音、特殊表示，及外来语上。
巴赛语基本上有4个元音字母，14个辅音字母，1个声门塞音符号。 辅音分清浊，不分送气与不送气；有轻重音之语气表现，但无类似闽南语的声调。 新北市贡寮区 babang（新社/B）及宜兰县trobiawan（哆啰美远/T、社头）二地区语音上有/b/→/{v}/及/k/→/{q}/之音变转换。 台湾南岛语的书写系统的订定，原则上都是先“发音部位”（横列）、后“发音方法”（纵列）、再考量“清浊音”，来订定其书写字母。 辅音/d/,/g/,/h/,/x/，及半闭元音/e/与/o/均作增音时使用。须注意中央元音/ə/用/e/表示，须与半闭前不圆唇元音/e/有所区别。/auw/或/au/可用/aw/替代，/ai/可用/ay/替代，/eu/与/eo/可用/iw/替代，/oi/可用/uy/替代。
从音变过程不但可以观察出语种之间的连系关系，亦可以看出语种在时间流程上之演化进程。巴赛语及噶玛兰语之语音关系、在音素方面，除了*p, *b, *m, *N, *w, *y, *i, *u 基本保持不变外，两者亦有五种共同的音变。且其中两种音变只存于巴赛语与噶玛兰语：(1).*j, *n 与 *N 的合并、(2).*k 的分裂为k 与q，属于这两种语言的共同创新音变。且巴赛语也保存了古南岛语的一些语音如/bukəS>bukəs/(头发)等。
以下列出巴赛语、噶玛兰语，及原始南岛语（PAN/古南岛语）等之语音对应关系。
1). 语音对应关系(1)：
2). 语音对应关系(2)：
于1936年10月台北帝国大学人类学教授浅井惠伦对新北市三貂社(Santiago/Ki vanow-an)新社巴赛语发音人“潘氏腰”(时年75岁)进行语音记录之研究。。 其中一支“祭祖歌”，歌词如下：
原文：Naqai, ilainata punaririn imu, baki, bai kakazaui.
中文：来！祖父，祖母，咱献酒供食予你们。
拉丁：Naqa-i! ilainata puna-ri-rin-imu, baki, bai ka-kazaui.
原文：Qamenimau punu-wanak-ake nuvayp-aku, palalamau cilakcaki.
中文：希望我儿子、孙子们平安幸福！
拉丁：Qamenimau punu-wanak-ake nuvayp-aku, pa-la-lamau cilak-caki!
