院政指日本政权由摄关政治转移到幕府的过渡时期的政治体制。天皇禅位予子侄，而自称上皇，在“院”中训政的政治形态。是皇权为了抵抗摄关政治而发展出来的政治制度。
藤原氏透过摄关政治掌权下，天皇大权旁落，引起地方豪族与武士的不满。到了后三条天皇，因其非藤原氏所生，亲政后极力夺回政权。藤原氏的外戚集团引起了整个朝廷的矛盾，摄关政治主要透过外戚的身份来干政。后三条天皇不愿当摄关家的傀儡皇帝，结合了反对藤原氏的各种势力，整理庄园、整顿朝政、积极恢复皇权。
后三条天皇引入了自己的亲信村上源氏的源师房，并在1069年发布了庄园整理令，整顿藤原氏所属的庄园。地方反对藤原氏的“受领阶级”也参与了反对藤原氏的运动。藤原氏大量的庄园被划归为上皇直属的“院领”。1073年1月，后三条天皇让位予白河天皇，却开设“院厅”，意图以上皇之姿重新掌控朝政；却在1073年6月病死。院政的确立，从白河天皇才真正开始。
白河天皇为对抗摄关政治，退位为太上天皇，居住在白河院，依靠中下层武士招募军队、建立朝廷百官，频频颁布院宣，成为政务的仲裁者；最后出家为太上法皇，仍掌握大权。以后天皇多遵循此例。白河天皇在白河院中设置了各种官职，并组织北面武士作为亲卫武装力量。白河院的官员多为上皇的近臣，多是中下级官僚。代表了皇权与贵族的分立。
上皇颁布的院宣，其权威高于天皇的诏令。而原属太政大臣的职权，虽然经过公卿会议决议，最终的裁定却在上皇手上。朝政的一切都掌控在上皇中。这百余年皆由上皇实行院政。而过去摄关政治的权力来源仍是天皇，所以要以天皇的权威作为根基。院政的权威却直接来自于上皇，透过父亲尊亲属的关系控制朝政。
院政的形成，与其说是皇室与外戚的矛盾，不如说是中下官僚与大贵族的斗争。后三条天皇得以整顿庄园，就是因为中下官僚的支持。
摄关政治的基础，是藤原氏掌控的大量庄园；而院政是行国制，是将一个国（行政区）的行政、征税权在一定时间赋予特定个人，以换取对上皇的支持。这样反而使中央集权制度加速瓦解。院政接收了藤原氏与豪族的庄园，而积极整顿庄园引起了领主的不安。为了避免遭到清算，许多领主自动向上皇靠拢；上皇为了报答领主的支持，给予了豁免租税的优待，反而使庄园的独立性更强。
由于许多上皇笃信佛教，更遁入空门成为法皇，使佛教势力扩张。神社寺院有自己的僧兵，屡次与地方国司相争。朝廷面对僧兵的斗争，反而束手无策。畏惧神佛的贵族无法反抗僧兵，只能倚靠不畏惧神佛的武士来相抗衡。间接造成了武士的抬头。
院政的是为了对抗摄关政治而形成的畸形政治制度，虽然成功把藤原氏的的势力逐出朝廷，但上皇与摄关一样好大喜功，上皇更因深信佛教而大兴土木兴建佛寺、举办大规模法会而耗费财政；为了弥补财政空洞，反而加深卖官的情况。院政导致朝政的腐败，更酿成日后的保元之乱、平治之乱。
