第一次里昂公会议（Lyons I）是天主教会第十三次的大公会议，1245年在法国里昂召开。
第一次里昂公会议由教宗意诺增爵四世主持。意诺增爵四世被扬言攻打罗马的神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世威胁，在1244年12月2日抵达里昂，并于隔年年初召集教会主教开会。大约250名主教回应了这次召集，包括拉丁礼君士坦丁堡宗、拉丁礼安提阿宗主教（英语：Latin Patriarch of Antioch）与阿奎莱亚（威尼斯）及140名主教。拉丁皇帝鲍德温二世（英语：Baldwin II, Latin Emperor）、图卢兹伯爵的雷蒙德七世（英语：Count of Toulouse）与普罗旺斯伯爵的雷蒙·贝朗热四世（英语：List of rulers of Provence）都有参加。当时罗马处于皇帝腓特烈二世的围困下，教宗召开会议而将皇帝绝罚及废位，以及葡萄牙国王桑乔二世。会议同时指示了新的一次十字军东征（见第七次十字军东征），这次是由法国国王路易九世所带领，以收回圣地为目标。
会议于1245年6月28日开始。唱完了《求造物主圣神降临（英语：Veni Creator Spiritus）》古圣歌之后，意诺增爵四世谈及教会五伤并以自己的五悲做比较：（1）圣职者及信徒的守贫的操性、（2）占领圣地的撒拉森人的傲慢、（3）东西教会大分裂、（4）匈牙利鞑靼人的残酷和（5）皇帝腓特烈对教会的迫害。
同年7月5日的第二会期中，泰亚诺-卡尔维教区主教与一名西班牙主教抨击了皇帝的作为。在7月17日的下一个会期中，意诺增爵四世宣判腓特烈逐出教会。该绝罚令有150名主教签署，且道明会与方济各会负责将其公开。然而，意诺增爵四世没有任何实施该法令的实质手段。
第一次里昂公会议颁布了以下几项纯粹的纪律措施：
