卢旺达航空，是一家以卢旺达吉佳利为基地的100%国营航空公司，成立于2002年，于2003年4月27日正式营运，主要经营国内航线及东非、中非、南非与中东等地的国际航线，近期也开始飞航欧洲地区的航线，其枢纽为吉佳利国际机场。
1994年卢旺达种族灭绝后，卢旺达政府多次想尝试恢复在种族灭绝期间停止营运的前国家航空公司卢旺达航空。 各家民营公司都表示有兴趣与政府在1997年至2000年间进行合作。并将旧卢旺达航空资产全数接收以确保新卢旺达航空的持续运营，政府接管并重新替航空公司命名。 卢旺达航空公司于2002年12月1日开始运作，作为新的卢旺达国家航空公司，名为卢旺达航空快运。 2016年，卢旺达航空收到国际航空运输协会的地面作战安全审计计划书。
卢旺达航空公司开始在区域范围内开始扩张，到2009年该公司网络已经包括达累斯萨拉姆，内罗毕以及吉塞尼等国内外目的地。2009年3月，卢旺达航空公司注册了一个新商标“RwandAir Ltd”，它也是目前的正式经营名称。 2009年6月，航空公司正式从卢旺达快运转向卢旺达航空。因为这个新名字意味着一个庞大且严格的航空公司，而前者的“快运”意味着一个小型区域性航空。2010年5月，Rene Janata成为首席执行官，并同时启用一个常旅客计划，并开发航空公司官网，使得卢旺达航空成为网络运营商。 2010年10月，约翰·梅伦格（John Mirenge）成为卢旺达航空公司新任首席执行官。
2010年7月，卢旺达航空从爱尔兰航空租赁的第一架波音737-500到期归还；第二架是在2010年10月20日到期归还的。两架都是爱尔兰航空从通用电气资本航空服务出租，每个都有二级座舱配置，其中商务舱座位共有12个。
2011年8月，卢旺达航空直接从飞机制造商接收了他们的第一架全新飞机。在此之前卢旺达航空公司所有的飞机都是二手机。购买的这架飞机是一架波音737-800，内装为最新的波音天空内装。这架飞机于太平洋标准时间下午五点半在美国西雅图的波音艾佛雷特总装场起飞。它在冰岛的雷克雅维克国际机场停靠第一站，然后前往土耳其伊斯坦布尔停靠第二站。在长达20小时的飞行后，它终于抵达卢旺达的吉佳利。
2011年10月，卢旺达航空公司接收了第二架波音737-800。 2012年1月，该航空公司淘汰了拥有的两架CRJ200飞机，预计将接收两架CRJ-900NG。
2013年2月，约翰·梅伦格（John Mirenge）宣布，卢旺达航空公司将于2013年飞往阿克拉，开普敦，哈拉雷，朱巴和桑给巴尔。
2015年5月，卢旺达航空正式成为IATA成员。
卢旺达航空总部位于吉佳利国际机场的主楼顶楼，卢旺达航空公司以前在吉佳利的百年大厦设有总部，并于2010年5月将总公司及其业务迁往机场。以前，卢旺达航空公司旧总部设在Telcom House。
卢旺达航空由卢旺达政府拥有99％，一旦有利可图且可维持公司获利，政府希望在2013年之后私有化卢旺达航空公司。但这个过程在2008年被放弃了，因为政府在投标时没有人或公司愿意提供出售金额。
卢旺达航空公司已经亏损了多年。详细的账目似乎没有出版，只有少数高层管理人员或政府公布公布业务规模的细节。
截至2019年7月，卢旺达航空服务于以下目的地（不包括代码共享目的地）：
卢旺达航空与以下航空公司拥有代码共享:
2009年4月，有关方面宣布卢旺达航空会与布鲁塞尔航空实行代码共享协议，所有来往布鲁塞尔机场及吉佳利国际机场的航班均会以SN 及 WB的班号营运，作为售票航空公司的卢旺达航空亦会出售10个经济客位予市场2009年9月，卢旺达航空与埃塞俄比亚航空签署代码共享协议。2010年5月，卢旺达航空与乌干达航空实施代码共享协议 唯此协议于2012年3月终止，及后于2013年10月恢复
