日本的首都主要随着天皇的居住地而定,现今实际上为东京或东京都,因其是天皇居所、皇室与中央政府的所在地。但由于东京的首都地位没有法律依据,日本各界定义首都的标准也不一致(例如皇室居所位置、天皇御座位置、政府驻地等),加上昔日朝廷所在的京都仍留有旧皇宫、天皇御座等皇室设施,因而存在着首都是京都还是东京之争。
现行的日本法律虽然没有直接指定首都位置,但近代部分的诏书与废止法律提及东京或京都为首都。日本在1950年制定的《首都建设法(日语:首都建設法)》曾宣示东京都的首都地位,该法在1956年废止后,后继的《首都圈整备法(日语:首都圏整備法)》则将东京都与周围地区定为日本政治、经济、文化等领域中心的“首都圈”。